Что такое генотипирование вич

Обновлено: 19.04.2024

Для данного исследования лаборатория принимает следующий биоматериал:

Подготовка к исследованию

Взятие крови проводится не ранее, чем через 3 часа после последнего приема пищи, допускается употребление негазированной воды.

Метод исследования

В настоящее время для лечения больных ВИЧ-инфекцией используется антиретровирусная терапия (АРТ). АРТ не позволяет полностью удалить ВИЧ из организма, однако останавливает размножение вируса, что приводит к восстановлению иммунитета, предупреждению развития или регрессу вторичных заболеваний, сохранению или восстановлению трудоспособности пациента, увеличению продолжительность жизни пациента.

Несвоевременный прием препаратов, перерывы в применении, либо прекращение терапии приводят к развитию устойчивости (резистентности) ВИЧ к антиретровирусным препаратам (АРВП). Распространение резистентности ВИЧ к АРВП приводит к снижению эффективности лечения, увеличению смертности от ВИЧ/СПИД и росту стоимости антиретровирусной терапии.

Снижение чувствительности ВИЧ к АРТ обусловлено возникновением мутаций в генах-мишенях АРТ (кодирующих нуклеотидные последовательности ревертазы, протеазы, интегразы, поверхностных и структурных белков). Резистентные варианты ВИЧ могут возникнуть за счет развития мутаций вируса у пациентов, принимающих АРТ (приобретенная резистентность), или быть переданы неинфицированным ранее людям от лиц, у которых такие варианты присутствуют (первичная, передаваемая резистентность). Как первичная, так и приобретенная резистентность ВИЧ может приводить к снижению эффективности терапии ВИЧ-инфекции как у отдельных пациентов, так и в популяции в целом, ограничивает возможности выбора АРВП.

Вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) характеризуется крайне высокой степенью изменчивости, что позволяет ему в короткие сроки генерировать мутантные вирусные частицы, устойчивые к действию антиретровирусных (АРВ) препаратов и эффективно размножающиеся в организме ВИЧ-инфицированного на фоне их приема. В сочетании с тем, что на сегодняшний день ВИЧ-инфекция является неизлечимым заболеванием, требующим пожизненного лечения, подбор эффективной терапии на протяжении длительного времени представляется непростой задачей. В мире разработано и применяется уже более 30 различных АРВ-препаратов, относящихся к 6 различным классам. Одним из наиболее современных является класс антагонистов CCR5‑корецепторов с первым его представителем – препаратом маравирок. Препараты данного класса позволяют эффективно подавлять репликацию вирусов, блокируя корецепторы CCR5, необходимые вирусу для проникновения в клетку. Однако существуют варианты вируса, использующие для проникновения в клетку другой корецептор – CXCR4. При наличии у пациента таких вариантов ВИЧ маравирок назначаться не должен. Поэтому перед применением маравирока необходимо определить тропизм вируса, характерного данному пациенту. Метод определения тропизма ВИЧ основан на секвенировании и последующем анализе небольшого участка генома вируса (генотипировании). Наибольшая эффективность теста (95,1 %) достигается в случае, если вирусная нагрузка ВИЧ у пациента превышает 1000 коп/мл. Для образцов с недетектируемой вирусной нагрузкой характерна несколько меньшая эффективность, однако в то же время она находится на достаточно высоком уровне и составляет 85,4 %. При анализе распределения клинических параметров в зависимости от тропности вируса была обнаружена корреляция между тропностью вируса и концентрацией CD4+-клеток, а также между полом пациента и тропностью вируса. Более высокие концентрации CD4+-клеток наиболее характерны для CCR5‑тропного вируса и, напротив, более низкие концентрации CD4+-клеток характерны для CXCR4‑тропного вируса. У женщин несколько чаще встречается ССR5‑тропный вариант вируса (51,8 % случаев), в то время как для мужчин более характерен CXCR4‑тропный вариант вируса – 59 % случаев. Тропизм ВИЧ-1 является важной характеристикой вируса, которая влияет не только на скорость течения болезни, но и на эффективность действия антиретровирусных препаратов-антагонистов CCR5‑корецепторов.

Клиническая значимость. Тропизм ВИЧ-1 является важной характеристикой вируса, которая влияет не только на скорость течения болезни, но и на эффективность действия антиретровирусных препаратов-антагонистов CCR5‑корецепторов (маравирок).

Показания к исследованию:

Пациенты с ВИЧ инфекцией, которым рекомендуется назначение антиретровирусных препаратов-антагонистов CCR5‑корецепторов.

Пример результата исследования:

Параметр	Результат
РНК/ДНК HIV-1, определение тропизма ВИЧ	Только CCR5-тропный вирус
Комментарий к услуге РНК/ДНК HIV-1, определение тропизма ВИЧ: Анализ проведен с помощью набора реагентов “АмплиСенс HIV-Resist-Seq” (ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора)

При единовременном заказе нескольких услуг, услуга по сбору биоматериала оплачивается только один раз.

У каждого есть ВИЧ-статус, только у одних он положительный, а у других — отрицательный. Однако знать его необходимо, особенно в российских реалиях, когда в стране эпидемия, и уже более одного процента населения живет с вирусом.

Для диагностики вируса иммунодефицита человека существует несколько видов тестов, причем их классификация сложна лишь на первый взгляд, на самом деле она весьма логична. Главное — помнить, что, несмотря на высокую точность анализов, ни один тест не найдет вирус сразу после заражения.

Скрининговые (поисковые) тесты

Они помогают заподозрить инфекцию, но их результаты надо подтверждать другими анализами. Для скрининга используют тесты либо на антитела, либо на антигены/антитела.

ИФА (иммуноферментый анализ).

Этот метод служит не для обнаружения самого вируса, а антител, которые наша иммунная система вырабатывает для борьбы с ним.

Существует несколько поколений ИФА:

В первом поколении тестов использовался сам вирус, обработанный ультразвуком, при этом определялись антитела только ВИЧ-1. Анализ обладал невысокой чувствительностью и специфичностью.
ИФА второго поколения научили определять антитела как к ВИЧ-1, так и к ВИЧ-2. Материалом служили синтезированные белки, аналогичные настоящим антигенам вируса. Впрочем, тесты первого и второго поколения давно не используются.
Следом появились тесты третьего поколения, которые позволяют диагностировать длительно текущую (хроническую) ВИЧ-инфекцию с чувствительностью и специфичностью около 100 %. Однако при острой ВИЧ-инфекции (когда антител мало или совсем нет) их точность считается недостаточной.

За счет своей простоты и дешевизны этот метод используется чаще всего, в том числе на его основе работают экспресс-тесты.

Подтверждающие тесты

Как следует из названия, они позволяют наверняка убедиться в наличии или отсутствии вируса иммунодефицита у человека. Их минус в сложности и дороговизне.

Иммуноблоттинг помогает проверить результаты скрининговых анализов и уточнить, каким видом вируса инфицирован человек: ВИЧ-1, ВИЧ-2 или обоими. Этот метод обладает высокой точностью, чувствительностью, но дорог и сложен в исполнении. Он является комбинацией ИФА и электрофореза, что позволяет определить антитела к специфическим антигенам ВИЧ-1 (gp160, gp120, gp41).

ПЦР (полимеразная цепная реакция). Тест способен находить генетический материал ВИЧ (ДНК/РНК), то есть проверяет, есть ли непосредственно вирус в крови. Нуклеиновые кислоты могут обнаруживаться уже на 7-й день после инфицирования (по данным CDC — c 10 по 33 день).

Кроме того, ПЦР бывает качественным и количественным. В последнем случае можно отслеживать вирусную нагрузку (концентрацию вируса в крови и других биологических жидкостях) у людей с ВИЧ, оценивая эффект терапии.

А я могу сдать сразу иммуноблот или ПЦР, чтобы узнать свой ВИЧ-статус?

Иммуноблот используют специальные лаборатории центров по борьбе со СПИДом. Пробы крови направляются туда для перепроверки уже положительных первичных скрининговых анализов. Сразу сдать его не получится, даже в платных клиниках.

ПЦР, наоборот, можно сдать в любой момент, но только обратившись в коммерческую лабораторию. В СПИД-центрах его делают также для перепроверки ранее положительного теста. Да, ПЦР позволяет максимально быстро (в течение 7—10 дней после инфицирования) обнаружить ВИЧ, но и у него есть недостатки:

высокая стоимость;
может обнаружить только ВИЧ-1;
в редких случаях выявление низких уровней РНК ВИЧ (например,

Этот тест имеет смысл делать если:

у человека есть подозрение на острую ВИЧ-инфекцию (высокий риск инфицирования) или в период серологического окна;
донорам крови;
новорожденным от ВИЧ-положительных матерей

Как тогда правильно проверяться на ВИЧ?

Нужно ли повторно тестироваться, если результат анализа отрицательный?

Универсальной рекомендации, увы, нет. Повторные тесты нужны чтобы застраховаться от попадания в период окна, когда в крови еще нет антител и антигенов ВИЧ, а вирус уже проник в организм.

То же самое и с частотой тестирования — она зависит от разных факторов: количества рисков, приема доконтактной (PrEP) и постконтактной (PEP) профилактики, нахождения в группах риска (инъекционные наркопотребители, секс-работники, мужчины, практикующие секс с мужчинами). Однако эксперты рекомендуют проверяться каждые 6—12 месяцев.

Что может влиять на результат теста на ВИЧ?

Анализ на ВИЧ может дать неправильные результаты в следующих случаях:

при наличии системных аутоиммунных заболеваний (коллагенозов, васкулитов) и злокачественных опухолей;
при тестировании в период серологического окна — когда в крови еще не появились антитела к ВИЧ;
из-за ошибки при проведении теста в лаборатории;
после вакцинации от гриппа.

У детей, рожденных от ВИЧ-положительных матерей, до восемнадцатимесячного возраста в крови могут сохраняться материнские антитела, что может приводить к ложноположительным результатам.

Кроме того, прием PrEP и PEP могут влиять на точность анализов, так как антиретровирусные препараты уменьшают количество вируса в крови и антител к нему.

В случае с PEP после окончания курса рекомендуется посоветоваться с врачом и подобрать оптимальные сроки проведения анализов. Первый тест обычно проводят через 4—6 недель после контакта с ВИЧ, затем через 3 месяца, при необходимости — через 6 месяцев.

Считается, что крайне важно сдать анализ на ВИЧ перед началом приема PrEP и затем проверяться каждые 3 месяца, уже находясь на PrEP.

На результаты теста не влияют прием пищи и алкоголя или курение. Специальной подготовки перед сдачей анализов на ВИЧ не требуется.

А что с экспресс-тестами?

Они позволяют провериться на ВИЧ, не посещая лабораторию или поликлинику. По сути, это тесты ИФА третьего поколения, которые определяют антитела к ВИЧ-1 и ВИЧ-2 в слюне, моче или крови.

На рисунке показано, как быстро в крови появляются сам вирус (его генетический материал РНК) антитела и антигены, а также какие системы тестирования можно применить.

Точность большинства экспресс-тестов при хронической (длительно текущей) ВИЧ-инфекции достаточно высока (> 99 % чувствительности и специфичности), но все равно чуть ниже лабораторных анализов.

Сегодня среди них наиболее популярны тесты слюны (или околодесневой жидкости) и крови. Их можно либо купить самому, либо получить бесплатно в ВИЧ-сервисных организациях.

Важно помнить! Если такой тест оказался положительным, результат необходимо как можно быстрее перепроверить более точным методом.

Где я могу сделать тест на ВИЧ анонимно и бесплатно?

Анализ на ВИЧ бесплатный и анонимный, прикрепление к поликлинике и регистрация не требуются. После сдачи теста выдается идентификационный номер, по которому можно будет узнать результат.

Об этом сообщает Aidsmap со ссылкой на исследование, опубликованное в Open Forum Infectious Diseases.

Генотипирование является основным способом выявления наличия резистентности к АРВ-препаратам. Поскольку благодаря появлению новых препаратов, смена АРВТ для избежания долговременных побочных эффектов становится возможной для все большего количества пациентов, ученые обращают свое внимание на необходимость проведения дополнительных тестов на резистентность для ненаивных пациентов.

Как правило, при переходе на новую схему врачи проводят тестирование на резистентность вируса к препаратам, входящим в ее состав. Однако при неопределяемой вирусной нагрузке, то есть в том случае, если предыдущая терапия была эффективна, генотипирование невозможно. Такие тесты проводятся при вирусной нагрузке более 500 коп/мл.

В публикации, о которой идет речь, ученые проанализировали информацию о 59 людях, совершивших переход таким образом.

Основными причинами выбора такого типа тестирования среди участников исследования оказались смена двух и более режимов АРВТ (46 %), отсутствие полной истории лечения (34 %) и недостаточная вирусная нагрузка для проведения стандартного генотипирования (36 %). 71 % участников жили с ВИЧ более 10 лет.

После проведения тестирования провирусных ДНК и перехода на новую схему терапии 93 % участников сохранили неопределяемую вирусную нагрузку. Из 14 человек, которые начинали лечение с показателем выше 50 коп/мл, 10 успешно достигли неопределяемой вирусной нагрузки.

Более половины участников смогли отказаться от приема ингибиторов протеазы, а количество участников, принимающих ингибиторы интегразы, выросло с 27 до 50 человек.

Ученые отмечают, что тестирование ДНК на резистентность вряд ли будет полезно тем, кто начинает принимать свою первую схему АРВТ. Оно необходимо пациентам, сменившим более двух схем, людям с коморбидными состояниями, а также тем, кто хотел бы перейти на режимы, состоящие из двух препаратов.

Термин "генотип" был предложен Иогансеном в 1909 году. В современной генетике "генотип" рассматривают как единую систему генетических элементов, взаимодействующих на различных уровнях (например, между аллелями одного гена или различных генов). Генотип контролирует развитие, строение и жизнедеятельность организма, т.е. совокупность всех признаков организма -его фенотип. Особи с разными генотипами могут иметь одинаковый фенотип, поэтому для определения генотипа организма необходимо проводить его генетический анализ (генотипирование). Особи с одинаковым генотипом в различных условиях могут отличаться друг от друга по характеру проявления признаков, т.е. по фенотипу. В связи с этим в генетике используют понятие о норме реакции - возможном размахе фенотипической изменчивости без изменения генотипа. При изменении генотипа говорят о генотипической изменчивости, являющейся одним из условий эволюционного процесса.

Вирусы, как и другие организмы, обладают свойствами, передающимися по наследству, т.е. генетическими признаками, проявление которых в конкретных условиях характеризует их фенотип. В фенотипе вируса никогда не реализуются полностью все генетические возможности. Фенотип каждого штамма-частный случай проявления функции генома в конкретных условиях внешней среды. Популяции штаммов всех известных вирусов генетически гетерогенны, различия между клонами внутри популяции могут быть весьма значительными.

Все генетические признаки условно можно разбить на групповые, видовые, внутривидовые и штаммовыс. К групповым и видовым признакам относят тип нуклеиновой кислоты, размеры и морфологию вирусов, тип капсида, количество капсомеров, антигенную специфичность, устойчивость, наличие ферментов, способность вызывать агглютинацию, патогенность для адекватных лабораторных моделей, характер цитопатического действия на соответствующей культуре клеток. Для проведения генетических исследований наибольшее значение имеют внутривидовые (внутритиповые) признаки, позволяющие дифференцировать варианты (мутанты, рекомбинанты) между собой.

К числу признаков, позволяющих дифференцировать штаммы, относится патогенность для восприимчивого хозяина. Патогенность - это потенциальная способность вируса вызывать инфекционный процесс. Степень выраженности этого свойства у разных штаммов характеризует вирулентность вируса. Вирулентность относится к полигенным признакам и представляет собой функцию ряда генетических признаков вируса.

Проявление некоторых генетических признаков у вирусов связано с особенностями структуры внутренних и наружных белков. При изучении генетических признаков вируса необходимо учитывать также влияние факторов внешней среды. Взаимосвязь генетических признаков представляет большой теоретический и практический интерес, т.к. в процессе изменчивости вируса нередко наблюдается одновременное изменение не одного, а нескольких признаков. Предполагают, что в основе коррелятивной изменчивости лежат различные причины: полигенность изучаемого признака, плейотропность действия гена, селекция мутантов.

Исследование и идентификация нуклеотидных последовательностей ретровирусов и, в частности, ВИЧ-1 показало его чрезвычайную изменчивость. На основании анализа нуклеотидных последовательностей генов Env и Gag были выделены 10 генетических субтипов ВИЧ-1 (от А до J), относящихся к группе М. Кроме этой группы были идентифицированы высокодивергентные штаммы - группа О. Различия в геноме группы О и группы М составляют 35%.

В настоящее время доказана высокая частота рекомбинации у вируса иммунодефицита человека, что, вероятно, связано с процессом смены матрицы при обратной транскрипции. Обязательным условием рекомбинации, по-видимому, является попадание в одну вирусную частицу 2-х копий РНК, принадлежащих к вирусам разных субтипов. Вероятно, это случается при циркуляции в популяции двух разных субтипов. В России около четверти всех пациентов предположительно заражены рекомбинантными вирусами, что может играть важную роль втечение заболевания, т.к. в организме инфицированного происходит селекция рекомбинантных вариантов и появление наиболее патогенных и резистентных вирусов.

Современные молекулярно-генетические данные позволяют выявлять и сравнивать различные варианты ВИЧ, выделенные в различных странах, регионах или у отдельных лиц, что играет важную роль в расшифровке эпидемий (Покровский В.В., 1996, Бобков А.Ф., Казенова М.Р., Бобкова М.Р. и соавт., 2000).

Применение генотипирования ВИЧ повышает эффективность комбинированного противовирусного лечения, поскольку на основании определения генотипа возбудителя в схему лечения можно вносить необходимые коррективы. Исследователи, обследуя "лекарственно-наивных" больных, выявили резистентность у каждого девятого ВИЧ - инфицированного, не получавшего ранее антиретровирусную терапию ("Reuters" 27.08.99 г.). Широкое применение противовирусных препаратов приводит неизбежно к появлению резистентных штаммов, обусловленных как рекомбинацией, так и мутационным процессом.

Выявлена также прямая корреляция между фенотипом вируса и клиническим течением: вирусы с выраженным цитопатическим действием, высоким уровнем репликации чаще выделяются на стадии СПИДа, в отличие от штаммов с низкой реплицирующейся активностью и отсутствием ЦПД, которые выявляются чаще на ранних стадиях.

Источник: АХ. Рахманова, Е.Н. Виноградова, Е.Е. Воронин, А. А. Яковлев "ВИЧ-инфекция"

Внедрение АРВ препаратов в практику лечения ВИЧ-инфекции позволило значительно увеличить продолжительность и улучшить качество жизни пациентов. Однако возникновение устойчивых штаммов ВИЧ – одна из основных причин неэффективности АРВ терапии.

Быстрое развитие устойчивости обусловлено высокой скоростью репликации ВИЧ, а также очень большой частотой ошибок репликации, совершаемых обратной транскриптазой ВИЧ. Это приводит к частому появлению мутаций и постоянному образованию новых штаммов вируса даже в отсутствии лечения. Под давлением АРВ препаратов происходит селекция устойчивых вариантов вируса, которые начинают активно реплицироваться, занимая доминирующее положение. Первый индикатор активации ВИЧ на фоне развития лекарственной устойчивости – увеличение вирусной нагрузки. При сохранении прежней схемы терапии ВИЧ-инфекция быстро прогрессирует. Для оптимальной модификации схемы лечения необходимо знать профиль устойчивости ВИЧ у пациента.

Исследования, направленные на определение резистентности ВИЧ к лекарственным препаратам, разделяют по принципу действия на две большие группы: основанные на фенотипировании (определении свойств) или генотипировании (анализ генома) вируса. С помощью фенотипических тестов оценивают способность вируса расти в присутствии различных противовирусных препаратов in vitro. Для этого определяют показатель IC50, показывающий концентрацию препарата, необходимую для подавления вирусной репликации на 50%. В результате теста оценивают кратность увеличения IC50 по сравнению с данным показателем для дикого вируса. В настоящее время сертифицированы и доступны для использования методы на основе рекомбинантных вирусов. Ввиду большей трудоемкости и высокой себестоимости фенотипические методы в рутинной практике в РФ не используют. Основным методом определения лекарственной устойчивости ВИЧ в РФ является выявление специфических мутаций устойчивости в генах ВИЧ, которые являются мишенями для современных АРВ препаратов (гены обратной транскриптазы, протеазы, интегразы, поверхностных белков gp41 и gp120) методом определения нуклеотидной последовательности (секвенирования) генома ВИЧ.

Результатом исследования лекарственной устойчивости ВИЧ с помощью генотипического подхода является список выявленных мутаций в геноме вируса, приводящих к фенотипическим изменениям, которые выражаются в способности вируса к репликации в присутствии АРВ препаратов. На основании этого подбирается комбинация препаратов для наиболее эффективной терапии.

Исследование лекарственной устойчивости ВИЧ к АРВ препаратам имеет ряд ограничений, которые необходимо учитывать, оценивая результаты исследования и проводя его интерпретацию:

Показания к обследованию для определения лекарственной устойчивости ВИЧ

Читайте также: