Наборы для пцр диагностики при туберкулезе

Обновлено: 24.04.2024

Исследование проводят для диагностики туберкулеза легких путем обнаружения генетического материала Mycobacterium tuberculosis в мокроте.

Приём и исследование биоматериала

Когда нужно сдавать анализ Микобактерии, ДНК (Mycobacterium tuberculosis complex, ПЦР) мокрота, кач.?

Диагностика туберкулёза дыхательной системы.
Контроль эффективности лечения.
Раннее выявление обострения туберкулёза при хроническом течении.

Подробное описание исследования

Исследование направлено на диагностику туберкулёза дыхательных путей - заболевания, которое является наиболее распространенной причиной смертности от инфекций во всем мире. Высокоточные методы, такие как ПЦР, позволяют диагностировать заболевание еще до появления симптомов.

По данным ВОЗ, в 2017 году 10 миллионов человек заболели туберкулезом, 1.6 миллиона из них умерли от этой болезни.

Россия входит в число стран, где туберкулез наиболее распространен. Для снижения этого показателя принимаются меры по профилактике и своевременной диагностике: это позволило сократить число больных и носителей.

Основная сложность диагностики состоит в том, что инфицированный туберкулезом человек может долго не подозревать о своей болезни, пока его иммунная система сдерживает возбудителя – бактерию Mycobacterium tuberculosis. Это очень коварный микроорганизм, со множеством механизмов для защиты от иммунной системы и длительного скрытого выживания в организме и в окружающей среде.

На самом деле, Mycobacterium tuberculosis инфицировано около трети всего населения планеты, но клинически заболевание развивается лишь у немногих из них. Как правило, это те люди, чей иммунитет недостаточно сформирован или ослаблен: дети, пожилые люди, иммунокомпрометированные лица (ВИЧ-инфицированные). Либо те, кто находится в условиях недостаточной санитарии и больших скоплений людей в замкнутом пространстве.

Чаще всего Mycobacterium tuberculosis поражает легкие, поэтому возбудитель может быть обнаружен в мокроте. Микобактерия также может поражать, нервную и мочеполовую системы, кости и другие органы и ткани.

Источником инфекции является больной туберкулезом в открытой форме, который выделяет микобактерии в окружающую среду со слюной и с мокротой при кашле. Также существует закрытая форма: человек болен, но не выделяет микобактерий в окружающую срезу и не опасен для окружающих. Инфекция передается воздушно-капельным путем или от беременной женщины плоду еще в утробе, так как Mycobacterium tuberculosis может проникать прямо в кровоток.

Симптомами заболевания являются:

Потеря веса/ анорексия
Потеря аппетита
Обильная потливость в ночное время.
Высокая температура
Общая слабость

Если речь идет о легочной форме заболевания, симптомы могут включать:

Кашель
Кровохарканье (кашель с кровью)
Боль в груди

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) — метод исследования, позволяющий обнаружить ДНК возбудителя в биоматериале даже в небольшом количестве. Этот метод дает возможность обнаружить генетический материал микобактерий в мокроте, полученной от человека, больного туберкулезом легких в открытой форме (если он выделяет возбудителя в окружающую среду).

Туберкулез - хроническая инфекция с длительным периодом выделения возбудителя, многообразием клинических проявлений, поражением различных органов и систем - представляет непростую задачу для лабораторной диагностики. Молекулярно-биологические методы (ПЦР) используются для выявления, видовой дифференциации и определении лекарственной устойчивости микобактерий туберкулезного комплекса.

Ввиду биологических особенностей возбудителя и иммунного ответа человека диагностика туберкулеза не может ограничиваться каким-либо одним методом и должна проводиться комплексно.

Возбудители туберкулеза могут быть обнаружены в различных биоматериалах, природа которых определяет выбор наборов реагентов для экстракции ДНК. Ключевой принцип выбора биоматериала для диагностики туберкулеза методом ПЦР: необходимо выбирать биоматериал, соответствующий клинической форме туберкулезной инфекции.

Например, для диагностики туберкулеза мочеполовой системы нужно исследовать мочу или менструальную кровь, рекомендуется также исследовать биоптаты из подозрительного очага. Для диагностики туберкулеза легких используется мокрота, бронхо-альвеолярный лаваж.

Реагенты и оборудование для предобработки биоматериалов и экстракции ДНК

Наборы реагентов для экстракции ДНК из мокроты, бронхо-альвеолярного лаважа, мочи, синовиальной жидкости и смывов с объектов окружающей среды	ДНК-сорб-B и РИБО-преп
Реагент для разжижения мокроты и синовиальной жидкости	Муколизин
Набор для экстракции ДНК, используемый при исследовании биоптатов (легкие, лимфатические узлы, почки, печень, мозг, селезенка)	ДНК-сорб-С

Наборы реагентов для ПЦР-диагностики туберкулеза

Применение молекулярно-биологических методов (в частности, выявление ДНК методом ПЦР) в диагностике туберкулеза регламентировано Приказом Минздрава РФ от 21.03.2003 № 109 "О совершенствовании противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации" (ред. от 29.10.2009).

Выявление микобактерий туберкулезного комплекса

Набор реагентов АмплиСенс® МТС-FL предназначен для обнаружения ДНК микобактерий туберкулеза – Mycobacterium tuberculosis complex (MTC), включающий в себя виды микобактерий разной степени вирулентности, вызывающих туберкулез у человека (M.tuberculosis, M.bovis, M.africanum, M.microti, M.canetti, М.pinipedii).

Микобактерии туберкулеза выявляются без видовой дифференциации; микобактерии, не относящиеся к MTC (например, M.avium и M.paratuberculosis) - не выявляются. Данный набор реагентов используется в топической диагностике туберкулеза и позволяет быстро (за несколько часов) с высокой чувствительностью и специфичностью (близким к 100%) определять наличие микобактерий туберкулеза в образце биоматериала.

Благодаря высокой скорости и информативности в диагностике туберкулеза, методы амплификации нуклеиновых кислот (в том числе ПЦР) в 2010 году были предложены CDC США для подтверждения диагноза туберкулеза наряду с культуральным методом.

Видовая дифференциация микобактерий туберкулеза методом ПЦР

Не менее важно дифференцирование до вида внутри группы MTC. Это связано с необходимостью определения источника заболевания, определения тактики противотуберкулезной терапии, а также для подтверждения случаев поствакцинальных осложнений.

Актуальность видовой дифференциации определяется, например, тем, что разные виды микобактерий отличаются профилем лекарственной устойчивости. Например, M.bovis и её вакцинный штамм M.bovis BCG отличаются природной резистентностью к одному из основных противотуберкулезных препаратов - пиразинамиду. Поэтому при туберкулезе, вызванной M.bovis, и БЦЖите пиразинамид не назначается.

Приказом Минздрава РФ от 21.03.2003 № 109 "О совершенствовании противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации" (ред. от 29.10.2009) регламентировано применение наборов реагентов, дифференцирующих M.bovis от ее вакцинного штамма M.bovis BCG, для диагностики БЦЖита.

Анализ ГМО методом ПЦР в реальном времени

Для выявления фитопатогенов

Для анализа ДНК в криминалистике

Компания Синтол представляет первые отечественные наборы реагентов для первичной молекулярно-генетической оценки объектов судебно-медицинской экспертизы.

Для ветеринарии

Для идентификации сырьевого состава мясной и рыбной продукции

Наборы реагентов для идентификации сырьевого состава мясной и рыбной продукции методом ПЦР в реальном времени.

Для анализа SNP

Общее число SNP (однонуклеотидных полиморфизмов) в геноме человека составляет приблизительно 10-13 миллионов. Полиморфизмы, затрагивающие кодирующие части генов, нередко приводят к аминокислотным заменам и появлению белков с новыми функциональными свойствами.

Для выявления ДНК/РНК возбудителей опасных и особо опасных инфекций методом ПЦР в реальном времени

Для обнаружения и количественного анализа ДНК легионелл

Набор реагентов для выявления РНК коронавируса nCoV. (готовая лиофилизированная ПЦР-смесь в стрипованных ПЦР-пробирках, в каждой пробирке совмещены реакция обратной транскрипции и ПЦР-РВ).

Набор реагентов для проведения реакции обратной транскрипции и петлевой изотермической амплификации (RT‑LAMP) с целью обнаружения специфических фрагментов РНК коронавируса SARS‑CoV‑2 путем флуоресцентной детекции в режиме реального времени.

Наборы реагентов для обнаружения и определения количества ДНК человека, степени ее деградации и половой принадлежности.

Набор реагентов для обнаружения и определения количества ДНК человека, степени ее деградации и половой принадлежности для прибора 7500/7500 Fast Real-Time PCR System.

Набор реагентов предназначен для выявления РНК вируса полосатой мозаики пшеницы методом полимеразной цепной реакции в реальном времени совмещенной с реакцией обратной транскрипции (ОТ-ПЦР-РВ)

Набор реагентов для дифференциальной диагностики и выявления РНК вирусов картофеля методом полимеразной цепной реакции в реальном времени совмещенной с реакцией обратной транскрипции (ОТ-ПЦР-РВ)

Набор реагентов предназначен для выявления ДНК Candidatus Phytoplasma sp методом полимеразной цепной реакции в реальном времени.

Набор реагентов для дифференциальной диагностики и выявления ДНК бледной и золотистой нематоды методом полимеразной цепной реакции в реальном времени.

Набор реагентов для выявления ДНК возбудителя фомопсиса подсолнечника методом полимеразной цепной реакции в реальном времени.

Набор реагентов для выявления ДНК возбудителя бактериальной полосатости листьев риса методом полимеразной цепной реакции в реальном времени.

Набор реагентов для выявления РНК вируса мозаики пепино методом полимеразной цепной реакции в реальном времени совмещенной с реакцией обратной транскрипции (ОТ-ПЦР-РВ).

Набор реагентов для выявления РНК вируса бронзовости томата методом полимеразной цепной реакции в реальном времени совмещенной с реакцией обратной транскрипции (ОТ-ПЦР-РВ).

Набор реагентов для выявления РНК вируса коричневой морщинистости плодов томата методом полимеразной цепной реакции в реальном времени совмещенной с реакцией обратной транскрипции (ОТ-ПЦР-РВ).

Набор реагентов для выявления ДНК бегомовирусов, возбудителей болезни желтой курчавости листьев томата, методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ).

Набор реагентов для выявления ДНК возбудителя бактериального рака томата методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ).

Набор реагентов для выявления РНК вируса кольцевой пятнистости табака методом ОТ-ПЦР-РВ.

Набор реагентов для выявления ДНК грибов видового комплекса Colletotrichum acutatum.

Набор реагентов для выявления ДНК возбудителя ржаво-бурой пятнистости листьев фасоли.

Набор реагентов для выявления РНК андийсккого латентного вируса картофеля методом ОТ-ПЦР-РВ.

В 2004 году по инициативе д.м.н., профессора Михаила Александровича Владимирского, заведующего сектором молекулярной диагностики туберкулёза НИИ Фтизиопульмонологии Первого МГМУ им. И.М.Сеченова, мы начали разработки в области ПЦР-диагностики туберкулёза.

Выделение ДНК: использование оригинальных реагентов и магнитных частиц обеспечивает получение максимального количества чистой ДНК и позволяет автоматизировать процесс выделения ДНК.

ПЦР в реальном времени: одновременная детекция нескольких различных участков генома комплекса микобактерий туберкулёза (МБТ) увеличивает информативность и достоверность анализа.

I этап – Пробоподготовка, инактивация

II этап – Выделение ДНК

Набор реагентов для выделения ДНК (на магнитных частицах)

Набор реагентов для выделения ДНК микобактерий из клинических образцов и культур клеток на автоматизированных станциях TECAN

Снижение риска контаминации во время выделения ДНК практически до нуля.
Значительное уменьшение трудоёмкости процесса выделения ДНК.
Стандартизированное выделение ДНК из клинических образцов.
Экономическая выгода: низкий расход пластика и реактивов.

Набор реагентов для ускоренной пробоподготовки и выделения ДНК микобактерий из образцов мокроты

III этап – ПЦР в реальном времени

Обнаружение и количественное определение комплекса МБТ

высокая достоверность анализа благодаря одновременному обнаружению двух специфичных генов M.tuberculosis complex: IS6110 и regX3;
оценка пригодности образца ДНК для определения антибиотикоустойчивости;
высокая чувствительность (не более 100 КОЕ/мл мокроты или 1–10 копий фрагментов ДНК в реакции) и 100%‑ая специфичность, подтверждённые на панели QCMD (Quality Control for Molecular Diagnostics) Mtb EQA (UK).

Определение антибиотикоустойчивости МБТ к препаратам I и II ряда

Наборы реагентов АМПЛИТУБ-МЛУ-РВ, АМПЛИТУБ-FQ-РВ — это:

диагностика форм туберкулеза с лекарственной устойчивостью, в том числе множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ) и широкой лекарственной устойчивостью (ШЛУ);
быстрая детекция мутаций M.tuberculosis, ассоциирующихся с устойчивостью к антибиотикам первого и второго ряда (рифампицину, изониазиду, этамбутолу, фторхинолонам);
достоверность результатов, ежегодно подтверждаемая при проведении Федеральной службой внешней оценки качества (ФСВОК) Росздравнадзора испытаний шифрованных тест-культур и образцов.

Наборы АМПЛИТУБ-МЛУ-РВ и АМПЛИТУБ-FQ-РВ основаны на использовании оригинальной мультиконкурентной аллель-специфичной методики ПЦР в реальном времени, позволяющей выявлять мутации в генах микобактерий туберкулеза, ответственных за устойчивость к конкретным антибиотикам.

Принцип мультиконкурентной аллель-специфичной методики ПЦР в реальном времени

В формате одной пробирки используются 5’-флуоресцентно-меченые аллель-специфичные праймеры с общим комплементарным им 3’-меченым олигонуклеотидом-гасителем и контрольный флуоресцентный зонд, комплементарный участку ДНК без мутаций.
При отсутствии мутаций в ДНК нарастание флуоресценции в ходе ПЦР-РВ наблюдается только по флуорофору зонда.
При наличии мутаций в ДНК нарастание флуоресценции в ходе ПЦР-РВ наблюдается как по флуорофору зонда, так и по флуорофору 5’-флуоресцентно-меченого аллель-специфичного праймера. Данный метод позволяет определить не только точку мутации, но и процент устойчивого мутантного штамма МБТ на фоне дикого.

Гены, кодоны, замены, используемые в наборах реагентов
АМПЛИТУБ-МЛУ-РВ при определении антибиотикоустойчивости

Использование автоматизированных станций Freedom EVO (TECAN, Швейцария) для молекулярно-генетической диагностики туберкулёза

Трудозатраты — 1 час
Продолжительность выделения ДНК — не более 2 часов
Подготовка к амплификации и ПЦР-РВ — 1,5 часа

ИТОГО: результаты анализа будут готовы через 3,5 часа
Оператор затратит 1 час своего рабочего времени.

Исследование проводят в целях диагностики туберкулеза легких. Методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) в соскобе из зева устанавливают наличие генетического материала Mycobacterium tuberculosis.

Приём и исследование биоматериала

Когда нужно сдавать анализ Микобактерии, ДНК (Mycobacterium tuberculosis complex, ПЦР) соскоб, кач.?

Диагностика туберкулеза дыхательной системы;
Контроль эффективности лечения;
Раннее выявление обострения туберкулеза при хроническом течении.

Подробное описание исследования

Исследование направлено на диагностику туберкулеза дыхательных путей — мультисистемного заболевания с множеством проявлений, которое является наиболее распространенной причиной смертности от инфекционных заболеваний во всем мире. По данным ВОЗ, в 2015 году было зафиксировано 1,4 млн случаев смерти от туберкулеза, среди которых 0,4 млн человек имели ВИЧ.

Россия входит в число стран с наиболее высоким показателем распространенности туберкулеза, хотя в последние 10 лет в этом направлении наблюдается положительная тенденция: снижается число как новых случаев заражения, так и доля носителей из общего числа больных.
Как правило, данное заболевание поражает легкие (85% случаев), но может затрагивать и другие органы, в том числе кости. Источниками инфицирования являются больные люди с открытой формой заболевания — выделяющие возбудителя в окружающую среду со слюной.

Симптомами заболевания являются:

Потеря веса/анорексия;
Потеря аппетита;
Обильная потливость в ночное время;
Высокая температура;
Общая слабость.

Если речь идет о легочной форме заболевания, симптомы могут включать:

Кашель;
Кровохарканье (кашель с кровью);
Боль в груди.

При внелегочной форме симптомы будут зависеть от области поражения.

Mycobacterium tuberculosis complex — общее название близкородственных бактерий, которые являются возбудителями туберкулеза. Они имеют множество факторов патогенности, которые позволяют им долго выживать в окружающей среде и избегать иммунного ответа. Микобактерия туберкулеза является внтуриклеточным паразитом, тем самым, будучи поглощенной клетками иммунной системы, возбудитель инактивирует ферменты данных клеток, оставаясь жизнеспособной. Благодаря этим свойствам микобактерий туберкулез — достаточно опасное заболевание, особенно для людей с ослабленным иммунитетом. Заражение происходит, как правило, воздушно-капельным путем, когда инфицированный человек чихает или кашляет, в редких случаях для заражения достаточно даже разговора с больным. Также туберкулез может передаться даже от беременной женщины плоду еще в утробе.

Читайте также: