Что такое пцр кала на вирусы

Обновлено: 19.04.2024

Комплексное молекулярно-генетическое исследование для выявления и дифференциации наиболее распространенных возбудителей острых кишечных инфекций (ОКИ) – ротавирусы группы А (Rotavirus), норовирусы 2 генотипа (Norovirus 2 генонотип), астровирусы (Astrovirus). Исследование позволяет выявить генетический материал (РНК) возбудителей в кале и установить этиологию заболевания. Данные патогены являются основной причиной наиболее тяжелого гастроэнтерита у детей грудного и раннего возраста, а также у взрослых.

Анализ качественный - по каждому виду инфекции выдается результат "обнаружено/не обнаружено".

Синонимы русские

Скрининг на кишечные инфекции: ротавирус, норовирус, астровирус.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Метод исследования

ПЦР в режиме реального времени.

Как правильно подготовиться к исследованию?

Исследование рекомендуется проводить до начала приема антибиотиков и других антибактериальных химиотерапевтических препаратов.
Исключить прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел, ограничить (по согласованию с врачом) прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонна, пилокарпин и др.), и препаратов, влияющих на окраску кала (железо, висмут, сернокислый барий), в течение 72 часов до сбора кала.

Общая информация об исследовании

Острые кишечные инфекции (ОКИ) – группа заболеваний, обусловленных вирусами, бактериями или паразитами, для которых характерен фекально-оральный механизм передачи. Общими для данных инфекций являются факторы передачи: пищевые продукты, вода, инфицированные бытовые предметы и грязные руки. Первые симптомы возникают через несколько часов или дней после инфицирования, начало резкое, с появлением частого жидкого стула, рвоты, боли в животе, признаков интоксикации (лихорадки, озноба, тошноты). Заболевание может носить групповой характер и проявиться у нескольких человек, употреблявших инфицированную пищу или воду.

Согласно официальной статистике, в России до 65-67% заболеваний этой группы составляют ОКИ неуточненной этиологии. Если возбудитель инфекции неизвестен, эффективность противоэпидемических мероприятий ограничивается. Соотношение частоты выявления вирусных и бактериальных патогенов варьируется в разных возрастах: у детей до 3 лет на долю вирусных агентов приходится 80-90% заболеваний, на долю бактериальных – 10-20%; среди взрослых пациентов доля вирусных возбудителей снижается до 30%.

Ротавирусная инфекция – это острое вирусное заболевание, передающееся фекально-оральным путем. Его возбудителями являются РНКсодержащие ротавирусы (Rotavirus). Источник инфекции – больной человек.

Для ротавирусов характерна сезонность: чаще всего ими заражаются в холодное время года. Инкубационный период длится от 15 часов до нескольких суток, начало заболевания острое, с тошнотой, рвотой, диареей, иногда лихорадкой. Если болезнь не лечить, к ним могут добавиться обезвоживание и нарушение электролитного и кислотно-щелочного баланса. Хотя иногда ротавирусная инфекция протекает бессимптомно. После перенесенного заболевания иммунитет нестойкий, поэтому возможен рецидив.

В соответствии с данными зарубежной литературы, норовирус – наиболее частый возбудитель вспышек ОКИ небактериальной этиологии. Эта особенность связана с низкой инфицирующей дозой и высокой устойчивостью в окружающей среде. ПЦР является "золотым стандартом" в клинической диагностике норовирусных инфекций.

Норовирус (Norovirus) – это РНКсодержащий вирус, относящийся к семейству Caliciviridae и приводящий к возникновению желудочно-кишечной инфекции в форме острого гастроэнтерита. Норовирусы классифицируются на шесть геногрупп: GI – GVI. В соответствии со сложившейся номенклатурой, известно около 38 генотипов данных вирусов. Для человека наиболее патогенными являются норовирусы GI, GII, GIV. По современным литературным данным, самой распространенной геногруппой в инфицировании человека является геногруппа GII. Она содержит до 19 генотипов и генотипы GII.3, GII.6, GII.12 ассоциированы с передачей инфекции через продукты питания. Норовирусная инфекция является высококонтагиозным заболеванием и может протекать в виде единичных случаев, групповых случаев и вспышек. Данный возбудитель является причиной возникновения более 90% небактериальной природы и около 50 % всех случаев гастроэнтеритов. К инфекции восприимчивы люди всех возрастных групп, но чаще описываются случаи заболевания у детей школьного возраста и взрослых.

Несмотря на несколько меньшую в сравнении с рота- и норовирусами распространенность, астровирусы составляют значительный пласт кишечных инфекций, у трети пациентов протекающий с явлениями колита. Ротавирусы группы А являются наиболее частой причиной спорадических заболеваний ОКИ у детей, а ДНКсодержащий аденовирус F (серотипы 40 и 41) нередко вызывает вспышки гастроэнтеритов у детей младшего возраста.

Астровирусная инфекция – это острое вирусное заболевание с фекально-оральным путем передачи. Его возбудителями являются РНКсодержащие астровирусы (Astrovirus). Пик заболеваемости приходится на холодное время года. Инкубационный период составляет 3-4 дня. Инфекция проявляется в виде острого гастроэнтерита (общее недомогание, головная боль, тошнота, диарея, небольшое повышение температуры, иногда рвота) и чаще развивается у детей (особенно в возрасте до 2 лет), однако может встречаться и у взрослых. Она напоминает ротовирусную инфекцию, однако протекает легче. Заболевание длится, как правило, не более 5 дней, специфического лечения не требует и заканчивается выздоровлением.

Нередко астровирусная инфекция протекает бессимптомно. Выделение вируса с калом происходит в течение 3 недель с момента заражения, поэтому выявление возбудителя методом ПЦР рекомендуется проводить именно в это время.

Для выявления и дифференциальной диагностики кишечных инфекций используются культуральные и молекулярно-генетические методы исследования генетического материала возбудителя в кале и определение концентрации специфических иммуноглобулинов в крови. ПЦР обладает преимуществом перед культуральными методами благодаря высокой специфичности и чувствительности исследования. Данный анализ позволяет со 100-процентной точностью определить возбудителя кишечного заболевания, а быстрая диагностика острых кишечных инфекций помогает избежать лишних процедур и оперативных вмешательств, своевременно начать лечение и ограничить очаг распространения инфекции.

Для чего используется исследование?

Для установления этиологического фактора острой кишечной инфекции;
для дифференциальной диагностики причин острого гастроэнтероколита (воспаления ЖКТ).

Когда назначается исследование?

Установление этиологического фактора острой кишечной инфекции;
дифференциальная диагностика причин острого гастроэнтерита;
дифференциальная диагностика причин острой диареи;
при симптомах вирусного гастроэнтерита (боли в животе, диарея, рвота, метеоризм, лихорадка);
одновременное или последовательное развитие ОКИ у нескольких членов семьи, у детей в детском учреждении или пациентов в стационаре;
"обострение" симптоматики ОКИ у госпитализированного с этим диагнозом пациента (внутрибольничная инфекция);
по эпидемиологическим показаниям.

Что означают результаты?

Референсные значения: не обнаружено.

Norovirus 2 генотип

Анализ результатов проводят с помощью программного обеспечения используемого прибора для проведения ПЦР c детекцией в режиме "реального времени".

отсутствие РНК возбудителя в исследуемом материале;
уровень РНК в исследуемом материале ниже пределов детекции метода.

Также рекомендуется

13 Острые кишечные инфекции, скрининг (Shigellaspp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus 2 генотип, Astrovirus)

53 Yersinia pseudotuberculosis, ДНК [ПЦР]

15 Посев кала на условно-патогенную флору с определением чувствительности к антибиотикам

По анализу кала можно заподозрить множество патологий, связанных с пищеварительной системой и не только. Опираясь на полученные данные, врач назначает соответствующее лечение. Анализ кала на ПЦР один из наиболее информативных способов получения информации о состоянии здоровья пациента.

Анализ кала на ПЦР позволяет определить с высокой степенью точности большую часть микроорганизмов, обитающих в кишечнике, как патогенных, так и условно-патогенных. Этот отдел пищеварительной системы наиболее заселен бактериями, вирусами, простейшими.

Показания к анализу

Причин, по которым может потребоваться анализ кала на ПЦР достаточно много. Это и некоторые виды наследственных заболеваний, и наличие кишечных инфекций и последствия приема некоторых медикаментозных средств, соблюдение диет, отрицательно влияющих на организм, наличие вредных привычек.

Все эти факторы создают условия для возникновения различных видов заболевания кишечника, в том числе и сопровождающихся нарушением микрофлоры. В этом случае полезные микроорганизмы вытесняются заменяющей их патогенной флорой.

Данный тип обследования врачи назначают пациентам, которые жалуются на:

Приступы тошноты.
Сильные боли в области живота.
Отрыжка.
Диарея.
Частые запоры.
Метеоризм.

Помимо этого, может повышаться температура, появляться сыпь на кожных покровах, или будет изменяться оттенок кожи и склер глазных яблок.

Все эти симптомы являются общими для многих кишечных заболеваний. Например, боли в животе при разных кишечных заболеваниях всегда присутствуют, но носят различный характер, локализацию и время возникновения, поэтому без анализа кала не обойтись при постановке диагноза, иначе вероятность ошибки будет высока.

Подготовка к процедуре

К сдаче кала необходимо соответствующим образом подготовиться.

За семь дней до исследования необходимо прекратить прием всех медикаментов, особенно тех, которые влияют на перистальтику кишечника.
Накануне сбора материала нельзя использовать ректальные свечи и ставить клизму.
Полностью исключаются из рациона питания продукты, окрашивающие кал.
Биологический материал собирают в стерильный контейнер.
На образец для исследования не должна попасть моча и выделяемое из половых органов.

Наиболее информативными будут те фрагменты кала где будут посторонние включения, имеется кровь и слизь.

Причины ложных результатов

Не всегда полученные результаты будут отражать истинную картину процессов, происходящих в кишечнике. Это происходит в следующих случаях:

При нарушении правил сбора материала, особенно если пациент продолжал принимать антибиотики и противовоспалительные препараты до момента сдачи кала.
При несоблюдении требований к употребляемым продуктам.
Результат исследования будет ложноположительным в том случае, если инфекции нет, а полученные данные свидетельствуют об обратном. Такое становится возможным, если в кишечнике имеются микроорганизмы, находящиеся в близком родстве с возбудителем.

Положительное значение может быть получено по вине лаборанта, в материал попадет ДНК микроорганизмов, оставшееся после предыдущего материала.

Изменение полученных данных может произойти, если будут использованы просроченные реагенты.

Как проводится анализ

Используя метод ПЦР, в кале можно выявить хеликобактер пилори, лямблии, присутствие простейших, грибов и глистов. Данный способ выявления инфекций существует не так давно, около тридцати лет. В его основу положена способность обнаружения в материале участков ДНК возбудителей.

Для этого структуры образца многократно увеличивают с помощью создания специальных условий, при которых из одной молекулы ДНК получается две. На образование одной цепочки уходит до трех минут. После того как образуется достаточно число молекул, проводят их визуальное опознание.

Нормы и расшифровка результата

В ходе исследования проводится прямое определение возбудителя, в то время как другие виды диагностики имеют дело лишь с продуктами их жизнедеятельности, которые только косвенно свидетельствуют о присутствии патогенного микроорганизма.

ПЦР анализ имеет высокий уровень специфичности, так как каждый организм имеет ДНК, свойственное только его виду. Исследование обладает высокой степенью чувствительности, так как позволяет найти даже единичные клетки возбудителя в материале.

Так как РНК И ДНК у организмов состоят из одинаковых наборов белков, то подобный принцип исследования универсален и обнаруживает практически все виды возбудителей.

С помощью ПЦР метода удается определить микроорганизмы, которые не поддаются культивации и поэтому не идентифицируются с помощью других, уже ставших традиционными методов.

У этого метода существуют и недостатки. С его помощью невозможно изучать возбудителей, чьё ДНК еще не было обнаружено и исследовано. Так как возбудители под действием различных факторов часто мутируют, результат анализ становится ложноположительным.

Данная статья размещена исключительно с целью ознакомления в познавательных целях и не является научным материалом или профессиональным медицинским советом. За диагностикой и лечением обратитесь к врачу.

дерматовенеролог / Стаж: 25 лет

Дата публикации: 2019-07-05

гинеколог / Стаж: 28 лет

Дата обновления: 2021-12-01

Хотите записаться или получить подробную консультацию?
Наши специалисты работают круглосуточно и без выходных!

Ротавирусная инфекция возникает остро и протекает с симптомами похожими на гастроэнтерит. Болезнь передается от зараженного человека к здоровому фекально-оральным путем. Для того чтобы правильно диагностировать патологию, необходимо сдать анализ кала ротавирус.

При помощи анализа кала на ротавирус можно выявить наличие инфекции в организме, а также обнаружить носителей патогенов, у которых острый симптомы болезни еще не проявились.

Показания к анализу

Исследование кала проводят на четвертый день после появления первых симптомов патологии. В этот период число вирусов в кале достигает своего максимума, далее их количество будет медленно уменьшаться. На девятый день возбудитель или вовсе не обнаруживается, либо его количество несущественно.

Данный вид обследования назначается при следующих симптомах:

Сильных болях в области живота;
Многократно повторяющейся рвоте;
При появлении слабости;
Жалобах пациента на боль в горле и насморк на фоне симптомов отравления;
При кале, который имеет кислый запах;
При поносе;
При потере аппетита;
При повышенной температуре на фоне рвоты и поноса.

Данный анализ очень важен в тех случаях, когда необходимо дифференцировать ротавирусную инфекцию от холеры, которая имеет схожую симптоматику. По схожему сценарию протекают эшерихиоз, сальмонеллез, пищевые отравления, дизентерия.

При этом клинические проявления при данных патологиях отличаются друг от друга незначительно и в некоторых случаях эти нюансы могут быть пропущены. Для этого и проводится анализ кала, чтобы не прошли незамеченными достаточно серьезные патологии.

Подготовка к процедуре

Для сдачи анализа требуется специальная подготовка, которая включает в себя:

Отказ от приема препаратов накануне обследования, крайне нежелателен прием антибиотиков и противовоспалительных, так как они могут исказить картину заболевания.
От забора материала до его предоставления в лабораторию должно пройти не более трех часов.
Кал помещают в специальную стерильную емкость, например, аптечный контейнер. Он не должен соприкасаться с другими предметами.
Для полноценного анализа вполне достаточно двух граммов кала.
В материал не должны попасть микробы с наружных половых органов.
Перед исследованием нельзя использовать свечи и слабительное.
На направлении указываются личные данные пациента.
При этой пробе возможно ненадолго материал поместить в холодильник, но его нахождение в холоде не должно превышать двух часов.
Накануне обследования нельзя употреблять жирную пищу, а также алкоголь.

При ротавирусной инфекции, как правило, изменяется структура каловых масс. В них появляются посторонние примеси в виде крови и слизи. Сам кал при этом значительно светлеет.

Причины ложных результатов

Результат анализа может быть изменен при несоблюдении условий стерильности, при длительном хранении материала. Изменить конечный результат может большое количество алкоголя, выпитого накануне проведения обследования. Повлиять на полученные в ходе изучения фекалий данные может прием препаратов, употребление жирной пищи.

При несоблюдении правил можно получить ложноположительный, ложноотрицательный вариант ответа. Нельзя хранить кал с применением консервантов. Недопустим контакт материала предоставляемого для анализа с ионами металлов. В обоих случаях число возбудителей значительно уменьшается.

Как проводится анализ

Инфекцию определяют с помощью микроскопа. Данный тип вирусов относится к РНК-содержащим. Их выявляют в кале при помощи иммунохроматографического анализа. Этот метод основан на том, что при попадании вируса в организм вырабатывается специальный антиген ротавирусов VP6, его и ищут во время исследования фекальных масс. Также для обнаружения возбудителя может быть проведена полимеразная цепная реакция. В этом случае в кале ищут участки ДНК кода вирусов.

При острой необходимости может быть проведен экспресс-тест, но в повседневной медицинской практике он не используется, так как реагенты для его проведения очень дороги. Его используют в случаях, когда возникает угроза для жизни.

Нормы и расшифровка результата

В случае, когда результат пробы кала отрицателен,это значит, что в кале нет никаких следов вируса. Если следы присутствия вируса совсем незначительны, анализ продолжают считать отрицательным. Анализ кала на ротавирусную инфекцию положительный. В этом случае признается, что пациент либо болен, либо является носителем вируса.

Окончательный диагноз устанавливается не только на основании данных, полученных при изучении каловых масс. Обязательно учитываются изменения, произошедшие в мочи и крови. К примеру, моча при кишечной инфекции приобретает более темные оттенки. В крови наблюдается лейкоцитоз, а при более углубленном обследовании вирус может быть обнаружен в крови. Но в случае крови, антитела появляются очень поздно, когда уже начинается выздоровление.

гинеколог / Стаж: 30 лет

Дата публикации: 2019-07-05

гинеколог / Стаж: 28 лет

Дата обновления: 2022-02-15

Комплексное молекулярно-генетическое исследование, которое позволяет выявить генетический материал наиболее вероятных возбудителей острых кишечных инфекций в кале и установить этиологию заболевания.

Синонимы русские

Синонимы английские

Acute intestinal infection screening; Bacterial and viral diarrhea screening, PCR, fecal samples.

Метод исследования

Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Как правильно подготовиться к исследованию?

Исследование рекомендуется проводить до начала приема антибиотиков и других антибактериальных химиотерапевтических препаратов.
Исключить прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел, ограничить прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонна, пилокарпин и др.) и на окраску кала (железо, висмут, сернокислый барий), в течение 72 часов до сбора кала.

Общая информация об исследовании

Shigella species и Esherichia coli – грамотрицательные палочковидные микроорганизмы из семейства энтеробактерий. К роду Shigella относятся патогенные бактерии S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii и S. sonnei, которые являются возбудителями шигеллеза (бактериальной дизентерии). Энтероинвазивные E. coli (EIEC) очень близки с шигеллами, синтезируют и выделяют шигеллоподобный токсин, способны проникать в клетки слизистой кишечника и разрушать энтероциты, что приводит к образованию язвенных дефектов в слизистой кишечника. За значительную часть случаев "бактериологически неподтвержденной дизентерии", особенно у детей, ответственен энтероинвазивный эшерихиоз.

Бактерии рода Salmonella относятся к семейству энтеробактерий. S. typhi и S. parathyphi являются возбудителями брюшного тифа и паратифа. Существует множество серовариантов Salmonella species, способных вызвать у человека инфекцию по типу гастроэнтероколита, а также стать причиной внутрибольничных инфекций. Сальмонеллез может протекать в форме острой кишечной инфекции, тяжелой генерализированной инфекции или бессимптомного носительства. Окончательный диагноз ставится только после выделения возбудителя или обнаружения его ДНК.

Кампилобактерии являются одними из наиболее сложных для культивирования (которое требуется в ходе анализа) микроорганизмов. Это объясняется их микроаэрофильностью и возможностью подавления их роста сопутствующей флорой. Род кампилобактерий объединяет как возбудителей ОКИ (термофильные виды), так и сапрофитные и условно-патогенные виды, о чем необходимо помнить при выявлении этих микроорганизмов в клиническом материале. Применение наборов на основе ПЦР для определения термофильной группы кампилобактерий позволяет не только избежать трудоемкой и высокозатратной бактериологической работы, но и четко ограничить детекцию тех видов кампилобактерий, которые имеют этиологическую связь с острой кишечной инфекцией (С. jejuni, C. coli, C. lari, C. upsaliensis).

Для выявления и дифференциальной диагностики кишечных инфекций используются культуральные и молекулярно-генетические методы исследования генетического материала возбудителя в кале и определение концентрации специфических иммуноглобулинов в крови. ПЦР обладает преимуществом перед культуральными методами благодаря быстрому получению результатов, высокой специфичности и чувствительности исследования. Данный анализ позволяет со 100-процентной точностью определить возбудителя кишечного заболевания, а быстрая диагностика острых кишечных инфекций помогает избежать лишних процедур и оперативных вмешательств, своевременно начать лечение и ограничить очаг распространения инфекции.

Читайте также: