Международный комитет по таксономии вирусов

Обновлено: 18.04.2024

Классификация вирусов не интегрирована с , что осуществляется для живых существ , само членство в вирусах в живом мире , являющихся предметом дискуссий. Два метода являются авторитетными:

классификации Балтимор , предложенные Дэвид Балтимор , который получил Нобелевскую премию по медицине в 1975 году , который основан на типе нуклеиновой кислоты вируса ( ДНК или РНК ) и способ его речь ;
классификация Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV), которая использует метод, очень похожий на метод, используемый для живых существ, где вирусы упорядочены по порядку, семейству, подсемейству, роду и виду.

Эти два метода классификации не являются антагонистическими и могут быть легко интегрированы друг с другом, поскольку классификация ICTV использует определенные критерии классификации Балтимора. Ни одно из этих двух утверждений не является филогенетическим , поскольку общее происхождение вирусов еще не может быть продемонстрировано путем сравнения их нуклеотидных последовательностей. Однако шаг к филогенетической классификации был сделан в октябре 2018 года, когда ICTV признала группировку одноцепочечных РНК-вирусов отрицательной полярности в одну ветвь , две подветвления и шесть классов .

Резюме

Общий

Различные формы вирусов являются результатом того факта, что одна из двух цепей ДНК, в которой все формы клеточной жизни сохраняют свою генетическую информацию, является избыточной, и поэтому вирусы могут иметь одноцепочечные или двухцепочечные геномы. Кроме того, геном некоторых вирусов состоит из РНК, а не ДНК. РНК присутствует в клетках как посредник при трансляции генов в белки . Геном РНК-вирусов может кодироваться в двух разных направлениях: либо гены хранятся в направлении 5 '→ 3' (положительная или + полярность), как то, в котором гены кодируются в матричной РНК клеток, либо они хранятся в обратном направлении (отрицательная или - полярность).

Таксономия вирусов похожа на клеточные организмы:

Порядок (суффикс: -virales ) Семья (суффикс: -viridae ) Подсемейство (суффикс: -virinae ) Пол (суффикс: -вирус ) Разновидность

Однако код номенклатуры, управляемый Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV), отличается от других по нескольким аспектам. По большей части названия отрядов и семейств выделены курсивом, а названия видов не соответствуют биномиальной номенклатуре, но часто имеют форму [вирус] [болезнь] . Порядок определен совсем недавно и был намеренно медленным; На сегодняшний день названы только три, и большинство семей не классифицированы. В 2014 г. описано 7 порядков, 104 семейства, 23 подсемейства, 505 родов и 3186 вирусных видов.

В октябре 2018 года ICTV сделал шаг к филогенетической классификации , одобрив будущее использование 15 таксономических рангов (домен, субдомен, королевство, субдомен, тип), субфилум, класс, подкласс, порядок, субпорядок, семейство, субдомен. -семейство, род, подрод, вид), а также путем проверки одной ветви, двух подсетей и шести классов. Утверждена филиал является то , что отрицательной полярности одноцепочечных РНК - вирусов , называемых Negarnaviricota и разделить на две подотрасли, Haploviricotina (включая вирус Эбола и вирус бешенства ) и Polyploviricotina ( в том числе вируса Ласса лихорадки) и вирус гриппа А ). ICTV также обновляет свой список таксонов более низкого порядка: 14 порядков, 7 подотрядов, 143 семейства, 64 подсемейства, 846 родов, 59 подродов и 4958 видов. Список признанных таксонов доступен в Интернете.

Классификация по типу генома

ДНК-вирусы

Генетическая информация этих вирусов хранится в форме ДНК.

Группа I - двухцепочечные ДНК-вирусы.

Отряд Caudovirales ( хвостовые бактериофаги ).

Семейство Myoviridae - пример фага Т4
Семья Podoviridae
Семейство Siphoviridae - Примеры: λ фаг ; фаг Т5

Семья Ascoviridae
Семья Adenoviridae - примеры кератита , тонзиллита или диареи
Семья Asfiviridae
Семья Baculoviridae
Семья Corticoviridae
Семья Fuselloviridae
Семья Guttaviridae
Семейство Herpesviridae - примеры вируса герпесачеловека или VZV (ветряная оспа).
Семья Iridoviridae
Семья Lipothrixviridae
Семья Nimaviridae
Семья Marseilleviridae
Семейство Mimiviridae - примеры Mimivirus ( мимивирусAcanthamoeba Polyphaga ) или Tupanvirus
Семейство Papovaviridae - примеры вирусапапилломы или полиомавируса ( обезьяний вирус 40 )
Семья phycodnaviridae
Семья Plasmaviridae
Семейство поксвирусов - примеры вируса коровьейоспы , вируса натуральной оспы
Семья Rudiviridae
Семья Tectiviridae

Группа II - вирусы с одноцепочечной ДНК.

неклассифицированные бактериофаги

Семья Inoviridae
Семья Microviridae

Семья geminiviridae
Семья Circoviridae
Семья Nanoviridae
Семья Parvoviridae - пример B19 ( рост зависит от сочетанной инфекции аденовирусами )

Несекретные жанры

Анелловирус - примервируса Torque teno

РНК-вирусы

Генетическая информация хранится в виде РНК.

Группа III - двухцепочечные РНК-вирусы.

Семья Birnaviridae
Семья Chrysoviridae
Семья Cystoviridae
Семья Hypoviridae
Семья Partitiviridae
Семейство Reoviridae - примеры ротавирусов или ортореовирусов
Семья Totiviridae

Эндорнавирус - примерэндорнавируса Vicia faba

Группа IV - вирусы с одноцепочечной РНК положительной полярности ((+) оцРНК или вирус информационной РНК)

Группа V - одноцепочечные РНК-вирусы с отрицательной полярностью.

Заказать Mononegavirales (несегментированные вирусы отрицательной полярности)

Семейство Bornaviridae - вирус болезни Борна
Семейство Filoviridae - например , вирусЭбола , вирус Марбург
Семейство Paramyxoviridae - примеры вируса кори, вируса паротита
Семейство Rhabdoviridae - примеры бушующего вируса

Семейство Arenaviridae - примеры вируса лихорадки Ласса, вируса Хунин (южноамериканская лихорадка)
Семейство Bunyaviridae - примеры Bunyaviral , Phlebovirus и Hantavirus
Семейство Orthomyxoviridae - вирус гриппа ( A , B , C , D )

Несекретные жанры

Род Deltavirus - пример вируса гепатита дельта
Род Ophiovirus - пример вируса псороза цитрусовых
Род Tenuivirus - пример вируса рисовой полосы
Род Varicosavirus - пример вируса, связанного с большимивенамисалата

Новая классификация

Официальное оформление в октябре 2018 г. отраслевого таксономического ранга одноцепочечных РНК-вирусов отрицательной полярности ( Negarnaviricota ) основано на филогении универсального маркера РНК-вирусов - РНК-зависимой РНК-полимеразы . Разделение этой ветви на две подветви ( Haploviricotina и Polyploviricotina ) и шесть классов основано на том же маркере, но также на гене происхождения белков капсида . Принята следующая классификация, вплоть до ранга семейств (полная классификация включает роды и виды):

Ветвление (суффикс: - viricota )

Суб-ветви (суффикс: - viricotina )

Классы (суффикс: - viricetes )

Заказы (суффикс: - вирусный )

Семьи (суффикс: - viridae )

ДНК или РНК вирусов с обратной транскрипцией

Группа VI - ретровирус одноцепочечной РНК.

Генетическая информация кодируется в форме РНК. Фермент, связанный с вирусом, обратная транскриптаза , создает ДНК из РНК, чтобы обеспечить репликацию в клетке-хозяине.

Группа VII - параретровирус с двухцепочечной ДНК.

Генетическая информация закодирована в форме ДНК. Репликация основана на мРНК.

This new release contains taxonomic changes approved by the ICTV Executive Committee in July, 2021 and ratified by the ICTV Membership in March, 2021. A paper describing this release will be published in the Virology Division News section of Archives of Virology.

Differentiating between viruses and virus species by writing their names correctly

A paper that provides a primer on how to write virus species names using the new binomial format has been published in the Virology Division News section of Archives of Virology:

Zerbini FM, Siddell SG, Mushegian AR, Walker PJ, Lefkowitz EJ, Adriaenssens EM, Alfenas-Zerbini P, Dutilh BE, García ML, Junglen S, Krupovic M, Kuhn JH, Lambert AJ, Łobocka M, Oksanen HM, Robertson DL, Rubino L, Sabanadzovic S, Simmonds P, Suzuki N, Van Doorslaer K, Vandamme AM, Varsani A. Differentiating between viruses and virus species by writing their names correctly. Arch Virol. 2022 Jan 19. doi: 10.1007/s00705-021-05323-4. Epub ahead of print. PMID: 35043230.

30 years of Virology Division News in Archives of Virology

2021 sees the 30th anniversary of the collaboration between Springer (now SpringerNature), which publishes Archives of Virology (ARVI), and the Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (VD-IUMS). This formal collaboration was heralded in an editorial written by the then journal Editor-in-Chief Dr. Frederick A. Murphy and published in the March 1991 issue of volume 116, announcing that ARVI had become the “Official Journal of the Virology Division of the International Union of Microbiological Societies”. Moreover, a special section named “Virology Division News” (VDN) was to be established to promote “papers and proceedings of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)”. The inaugural article in this series was launched in the same volume and was authored by the first Section Editor Dr. Marian Horzinek. This paper presented the scope of the new section, with a vision that it should become “a platform for communicating many kinds of information of general interest to virologists around the world”. A particular emphasis was to be placed on “coverage of taxonomic matters”, either formally by the ICTV or in the form of informal input from groups of virologists interested in that niche of virology. The section is managed by the VDN Section Editor, who is also a member of the ICTV Executive Committee (EC).

Submit Your Taxonomy Proposal for 2022

Perspective on taxonomic classification of uncultivated viruses

A paper that discusses issues related to the taxonomic classification of viruses discovered through metagenomic sequencing has been published in Current Opinion in Virology:

Dutilh BE, Varsani A, Tong Y, Simmonds P, Sabanadzovic S, Rubino L, Roux S, Muñoz AR, Lood C, Lefkowitz EJ, Kuhn JH, Krupovic M, Edwards RA, Brister JR, Adriaenssens EM, Sullivan MB. Perspective on taxonomic classification of uncultivated viruses. Curr Opin Virol. 2021 Dec;51:207-215. doi: 10.1016/j.coviro.2021.10.011. Epub 2021 Nov 12. PMID: 34781105.

What’s the point of virus taxonomy?

Stuart Siddell (ICTV Vice President) and Andrew Davison (past ICTV President) discuss the importance of virus taxonomy, classification, and naming in this International Science Council blog post.

Международный комитет по таксономии вирусов (англ. International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV — занимается организацией таксономической классификации вирусов [1] . ICTV была разработана универсальная система таксономии для описания всех существующих вирусов. Члены комитета являются признанными мировыми экспертами в области вирусологии [2] . Комитет организован и управляется Отделением Вирусологии International Union of Microbiological Societies. Разделение видов внутри семейств производится отдельными исследовательскими группами, в которых входят эксперты по данным семействам [1] .

Комитет также разрабатывает базу данных (ICTVdB), в которой содержится информация о таксономическом положении более чем 2000 видов вирусов [1] . База данных открыта для свободного доступа.

Содержание

Официально целями ICTV являются:

Разработка международно признанной таксономической системы для вирусов
Разработка международно признанных названий для таксонов вирусов, в том числе, отдельных видов и субвирусных агентов
Ознакомление об изменениях в таксонах вирусов, в том числе, международным сообществам вирусологов и публикация в интернете
Поддержка списка названий вирусов
Поддержка базы данных ICTV в сети интернет, в которой содержится информация о каждом таксоне, а также названия всех таксонов на всех основных языках

Номенклатура

Основные принципы ICTV номенклатуры вирусов:

Стабильность
Избегать или ограничивать использование названий, которые могут вызвать ошибки или путаницу
Избегать создание избыточных названий

Универсальная классификация вирусов, созданная ICTV, использует немного измененную систему биологической систематики. Используются следующие таксоны: отряд, семейство, подсемейство, род и вид. В случае, когда отнесение вида к роду неоднозначно, но принадлежность к семейству не вызывает сомнений, вирус относят к неопределенному роду семейство [1] .

Стабильность систематики вирусов по версии ICTV очень высока. Каждый род и каждый вид, существовавший в 1980-х, существовал по крайней мере до 2005 года [1] .

Названия и изменения таксонов

Предложения о новых названиях, изменениях названий и установлении таксонов обрабатываются исполнительным комитетом ICTV.

Название таксона должно быть утверждено ICTV, названия принимаются лишь в случае, когда установлена связь между вышестоящими таксонами. Если для таксона не предложено подходящего имени, таксон может оставаться неназванным до принятия приемлемого международного названия.

Правила именования

Для видов

Название виду подбирают из максимально возможно коротких, название вида должно однозначно характеризовать вид и отличать его от других видов. Цифры, буквы или их комбинации могут быть использованы в качестве видовых эпитетов. Однако только последовательности букв или цифр не могут являться видовыми эпитетами. При описании новых видов, нумерация может быть продолжена.

Для родов

К одному роду вирусов относят виды, сходные по некоторым важным свойствам, часто отличающихся либо в хозяине, либо в вирулетности. Название рода оканчивается на virus. Принятие нового рода сопровождается подбором типового вида.

Для подсемейств

Подсемейство — это группа родов, имеющих общие признаками. Таксон подсемейство используется для разрешения сложных иерархических структур. Название подсемейства оканчивается на virinae.

Для семейств

Семейство — это группа родов, которые либо не упорядоченных или нет в подсемейства, имеющих общие признаки, название оканчивается на viridae.

Для отрядов

Отряд — это группа семейств с некоторыми общими характеристиками, название оканчивается на virales.

Орфография

Названия отрядов, семейств, подсемейств и родов вирусов пишут курсивом, с заглавной буквы
Названия видов пишут курсивом, первое слово в названии — с заглавной буквы, все другие слова пишут со строчной буквы, кроме собственных имен существительных
Обычно перед названием таксона пишут ранг таксономической единицы

Десятичный код

Классификация ICTV использует восемь положений десятичного кода для обозначения отряда, семейства, подсемейства, рода, вида, серотипа или подтипа, штамма или изолята. Каждое положение кода использует от одной до трех цифр. Десятичный код идентифицирует вирус до уровня штамма или изолята.

Описание и примеры таксономии

Таксон	Код	Название
Poliovirus-1 Brunhilde
Отряд	00.
Семейство	00.052.	Picornaviridae
Подсемейство	00.052.0.
Род	00.052.0.01.	Enterovirus
Вид	00.052.0.01.007.	Poliovirus 1
Подвид	00.052.0.01.007.00.
Серотип	00.052.0.01.007.00.001.	Poliovirus 1
Штамм или изолят	00.052.0.01.007.00.001.001.	PV-1 Brunhilde
Influenza A virus, A/Puerto Rico/8/34 (H1N1) isolate
Отряд	00.
Семейство	00.046.	Orthomyxoviridae
Подсемейство	00.046.0.
Род	00.046.0.01.	Influenzavirus A
Вид	00.046.0.01.001.	Influenza A virus
Подвид	00.046.0.01.001.00.
Серотип	00.046.0.01.001.00.001.	H1N1
Штамм или изолят	00.046.0.01.001.00.001.001.	A/Puerto Rico/8/34

База данных

Разработка ICTVdB поддерживается ICTV с 1991 года, и была изначально предназначена для поддержания таксономических исследований. База данных классифицирует вирусы по химическим характеристикам, типу генома, особенностям репликации нуклеиновой кислоты, заболеваниям, векторам заражения, географическому распределению.

The process used to study any new biological entity begins by classifying it in relation to other known biological organisms, and then giving it a name. This process of classification and naming comprises the discipline of taxonomy, and has been an integral part of biological research since at least the 18th Century when Carl Linnaeus defined the principles of modern taxonomy. Taxonomic classification is a scientific endeavor whereby biological organisms are grouped together and placed into their proper taxonomic hierarchy based on the characteristics that form a unique descriptor identifying a particular organism. This research process is driven by individual scientists who publish their work, providing their evidence for the proposed classification. As new data are obtained either on the organisms previously studied, or on related organisms, the classification hierarchy may change. The principles, procedures, and nomenclature used to name taxa, is handled by one of the international organizations charged with developing the necessary guidelines. For example, naming of animal species is subject to the principles established by the International Commission on Zoological Nomenclature. Naming of bacterial species is guided by the International Committee on Systematic Bacteriology.

Virus Classification

Classification of viruses is based on the collection and comparison of various characters that describe the virus, and can then be used to distinguish one virus from another. Characters can consist of any property or feature of the virus, and include the molecular composition of the genome; the structure of the virus capsid and whether or not it is enveloped; the gene expression program used to produce virus proteins; host range; pathogenicity; and sequence similarity. While all characters are important in determining taxonomic relationships, sequence comparisons using both pairwise sequence similarity and phylogenetic relationships have become one of the primary sets of characters used to define and distinguish virus taxa.

Based on an assessment of characters, a hierarchical relationship is established that groups together viruses with similar properties. The properties that define higher-level taxa are shared with all lower-level taxa that belong to higher-level taxa. For example, viruses of the order Picornavirales are all non-enveloped, icosahedral particles containing one or two segments of positive-sense RNA. The family Picornaviridae is one of several families belonging to the order Picornavirales. Members of the family Picornaviridae contain a single monocistronic genome with conserved genome organization (arrangement of encoded polypeptides). Members of the genus Enterovirus (family Picornaviridae) share more than 42% amino acid identity across the length of their polyprotein. Finally, members of the species Enterovirus C, share a limited range of hosts and host receptors, have similar polyprotein processing programs, and share more than 70% amino acid identity in the polyprotein. Once these criteria for grouping similar viruses into common taxa are established, they are used as demarcation criteria to determine if newly discovered viruses are members of an existing species (and therefore also in existing higher-level taxa), or if the new viruses warrant creation of a new species (and potentially new higher-level taxa), if their properties are sufficiently distinct from the viruses in an existing species.

The ICTV

The first internationally organized attempts to introduce order into the bewildering variety of viruses took place at the International Congress of Microbiology held in Moscow in 1966. A committee was created, later called the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), and was given the task of developing a single, universal taxonomic scheme for all the viruses infecting animals (vertebrates, invertebrates and protozoa), plants (higher plants and algae), fungi, bacteria and archaea. The ICTV was created as a committee of the Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (IUMS) and is governed by Statutes approved by the Virology Division. The Statutes define the objectives of ICTV: (i) to develop an internationally agreed taxonomy for viruses (the term “viruses” for this purpose is taken to include viroids and some important groups of satellite viruses); (ii) to develop internationally agreed names for these taxa; (iii) to communicate taxonomic decisions to the international community of virologists; and (iv) to maintain an index of virus names. The Statutes also state that classification and nomenclature of viruses will be subject to rules set out in an International Code. Virus taxonomy differs from other types of biological classification because the ICTV not only regulates a Code of Nomenclature but also considers and approves the creation of virus taxa. Priority of publication is not the determining factor.

The working of the ICTV

The ICTV Executive Committee (EC) has established over 100 international Study Groups (SGs) covering all virus taxa. The Chair of each SG is appointed by the relevant Subcommittee Chair, who is a member of the EC. Each subcommittee is responsible for classes of viruses with different genome configurations infecting different hosts. The current subcommittees encompass Archaeal Viruses, Animal DNA Viruses and Retroviruses, Animal dsRNA and ssRNA- Viruses, Animal ssRNA+ Viruses, Bacterial Viruses, Fungal and Protist Viruses, and Plant Viruses. SG Chairs are responsible for (i) organizing discussions among SG members of emerging taxonomic issues in their field, (ii) overseeing the submission of proposals for new taxonomy, and (iii) preparing or revising relevant chapter(s) in ICTV Reports.

Developing new taxonomy

References

В Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) разрешает и организует таксономический классификация и номенклатура вирусы. [1] [2] [3] ICTV разработала универсальную таксономическую схему вирусов и, таким образом, имеет средства для надлежащего описания, наименования и классификации каждого вируса, поражающего живые организмы. Члены Международного комитета по таксономии вирусов считаются экспертами. вирусологи. [4] ICTV был сформирован и управляется Отделом вирусологии Международный союз микробиологических обществ. [5] Детальная работа, такая как определение границ видов внутри семейства, обычно выполняется исследовательскими группами экспертов по семействам. [2]

Содержание

История

Международная классификация вирусов - это группа, созданная в 1966 году для стандартизации именования вирусов. Группа была переименована в Международный комитет по таксономии вирусов в 1975 году. [ нужна цитата ]

В 1971 году классификация ICTV для вирусов, заражающих позвоночные включали 19 родов, 2 семейства и еще 24 неклассифицированные группы.

Организационная структура

Президент
Вице-президент
Секретари

Бизнес-секретарь
Секретарь по предложениям
Секретарь данных

Председатели - должности: 6 (по одному на каждый подкомитет)
Избранные члены - позиций: 8

Подкомитет по вирусам ДНК и ретровирусам животных - исследовательские группы: 18
Подкомитет по дцРНК и оцРНК-вирусов животных - исследовательские группы: 22
Подкомитет по ssRNA + Viruses - исследовательские группы: 15
Подкомитет по бактериальным и архейным вирусам - исследовательские группы: 19
Подкомитет по грибковым и протистским вирусам - исследовательские группы: 11
Подкомитет по вирусам растений - исследовательские группы: 22

Задачи Международного комитета по таксономии вирусов:

Разработать международно согласованную таксономию вирусов.
Установить согласованные на международном уровне названия для вирусных таксонов.
Сообщать вирусологам о принятых решениях относительно классификации и номенклатуры вирусов путем проведения встреч и публикации отчетов.
Поддерживать официальный указатель согласованных названий таксонов вирусов.
Изучить влияние вирусов в современном обществе и их поведение.

Принципы номенклатуры

Основные принципы номенклатуры вирусов ICTV:

Стабильность
Избегать или отклонять использование имен, которые могут вызвать ошибку или путаницу
Чтобы избежать ненужного создания имен

ICTV добился поразительных успехов в достижении стабильности с момента их создания в 1962 году. Например, все роды и семейства, признанные в 1980-х годах, продолжали использоваться с 2005 года. [2]

Название и изменение таксонов

Предложения по новым названиям, изменениям названий, а также по установлению и таксономическому размещению таксонов рассматриваются Исполнительным комитетом ICTV в форме предложений. Перед принятием решения со всеми соответствующими подкомитетами и исследовательскими группами ICTV проводятся консультации.

Имя таксон не имеет официального статуса до тех пор, пока не будет одобрено ICTV, и названия будут приняты только в том случае, если они связаны с утвержденными иерархическими таксонами. Если для таксона не предложено подходящего названия, он может быть одобрен, а название не определено до тех пор, пока не будет принято приемлемое международное название, когда оно будет предложено и принято ICTV. Названия не должны передавать значение таксона, которое, казалось бы, либо исключает вирусы, которые по праву являются членами этого таксона, исключает членов, которые однажды могут принадлежать этому таксону, либо включает вирусы, которые являются членами разных таксонов.

Правила для таксонов

Разновидность

Название вида должно состоять из как можно меньшего числа слов, но не должно состоять только из названия хозяина и слова вирус. Название вида должно обеспечивать соответствующую однозначную идентификацию вида. Цифры, буквы или их комбинации могут использоваться как виды. эпитеты где такие цифры и буквы уже широко используются. Однако новые обозначенные серийные номера, буквы или их комбинации не приемлемы сами по себе в качестве видовых эпитетов. Если существует серия цифр или букв, она может быть продолжена.

Род вирусов - это группа родственных видов, которые обладают некоторыми важными свойствами и часто отличаются только диапазоном хозяев и вирулентностью. Название рода должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс -вирус. Утверждение нового рода должно сопровождаться утверждением типовой вид.

Подсемейства

Подсемейство - это группа родов, обладающих определенными общими признаками. Таксон следует использовать только тогда, когда это необходимо для решения сложной иерархической задачи. Название подсемейства должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс -вирины.

Семьи

Семья - это группа родов, независимо от того, организованы ли они в подсемейства или нет, разделяя определенные общие признаки друг с другом. Фамилия должна состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс -viridae.

Заказы

Орден - это группа семей с определенными общими персонажами. Название заказа должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс -virales.

Правила для субвирусных агентов

Правила, касающиеся классификации вирусов, также применяются к классификации вироиды. Формальным окончанием таксонов вироидов является слово вироид для видов суффикс -вироид для родов суффикс -viroinae для подсемейств, если этот таксон потребуется, и -viroidae для семей.

Ретротранспозоны считаются вирусами по классификации и номенклатуре. Спутники и прионы не классифицируются как вирусы, но им присваивается произвольная классификация, которая кажется полезной для сотрудников в определенных областях.

Правила орфографии

При формальном таксономическом использовании общепринятые названия порядков, семейств, подсемейств и родов вирусов выделяются курсивом, а первые буквы имен пишутся с большой буквы. [7]
Названия видов напечатаны курсивом, первая буква первого слова написана с большой буквы. Другие слова не пишутся с заглавной буквы, если они не являются собственными существительными или частями собственных существительных.
В формальном использовании название таксона должно предшествовать термину таксономической единицы.

Классификация вирусов, обнаруженная методом метагеномики

Признавая важность вирусной метагеномики, ICTV признает, что геномы, собранные на основе метагеномных данных, представляют собой настоящие вирусы, и поощряет их официальную классификацию в соответствии с теми же процедурами, что и для вирусов, выделенных и охарактеризованных с использованием классических вирусологических подходов. [8] [9]

Отчеты ICTV

База данных ICTVdb

ICTVdb - это база данных видов и изолятов, предназначенная для использования в качестве дополнения к базе данных таксономии ICTV. Разработка ICTVdB поддерживается ICTV с 1991 года и изначально предназначалась для помощи таксономическим исследованиям. База данных классифицирует вирусы, прежде всего, по их химическим характеристикам, геномный тип, нуклеиновая кислота репликация, болезни, векторов, и географическое распространение, среди других характеристик.

База данных разработана в Австралийский национальный университет при поддержке США Национальный фонд науки, и спонсируется Коллекция американских типовых культур. Он использует Язык описания таксономии (ДЕЛЬТА), мировой стандарт обмена таксономическими данными, разработанный в Австралии Организация Содружества научных и промышленных исследований (CSIRO). DELTA может хранить самые разные данные и переводить их на язык, подходящий для традиционных отчетов и веб-публикаций. Например, ICTVdB сам по себе не содержит информации о геномной последовательности, но может преобразовывать данные DELTA в формат NEXUS. [14] Он также может обрабатывать большие входные данные и подходит для составления длинных списков свойств вирусов, текстовых комментариев и изображений.

ICTVdB расширилась по концепции и возможностям, чтобы стать основным справочным ресурсом и инструментом исследования; в 1999 г. он получал более 30 000 совокупных онлайн-посещений в день со своего основного сайта в Австралийском национальном университете и двух зеркальных сайтов, базирующихся в Великобритании и США. [15]

Читайте также: