Пцр посев на вирусы

Обновлено: 23.04.2024

Метод определения Полимеразная цепная реакция с детекцией в режиме реального времени (Real-time PCR).

Определение РНК/ДНК возбудителей острых респираторных вирусных инфекций в соскобе эпителиальных клеток ротоглотки и носоглотки методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с детекцией в режиме реального времени.

Острую респираторную вирусную инфекцию (ОРВИ), помимо вируса гриппа, чаще вызывают представители трех семейств РНК-содержащих вирусов: парамиксовирусы (респираторно-синцитиальный вирус, метапневмовирус человека, вирусы парагриппа 1-4), коронавирусы и пикорнавирусы (риновирусы) и двух семейств ДНК-содержащих вирусов: аденовирусы (виды B, C, E), парвовирусы (бокавирус человека).

Респираторно-синцитиальный вирус (РС-вирус) является основным возбудителем бронхиолитов и пневмоний у младенцев и детей младшего возраста во всем мире. В группу риска тяжелого течения PC-вирусной инфекции входят недоношенные младенцы, дети до двух лет, дети и взрослые с ослабленной вследствие заболеваний или лечения иммунной системой, пожилые люди (старше 65 лет).

Основными заболеваниями, развивающимися при инфицировании метапневмовирусами у детей, являются бронхиолиты, пневмония и бронхиальная астма. Вирусы парагриппа часто обнаруживаются у детей младшего возраста. Ко второму году жизни каждый ребенок хотя бы один раз переболевает ОРВИ, вызванной вирусами парагриппа. Вирусы парагриппа 2-го и 4-го типов чаще обнаруживают у детей первого года жизни, по сравнению с другими возрастными группами, где превалируют вирусы парагриппа 1-го и 3-го типов.

Аденовирусы подразделяют на семь видов: A, B, C, D, E, F, G. Аденовирусная инфекция вызывает острые заболевания, протекающие с умеренно выраженным интоксикационным синдромом и симптоматикой, зависящей от вида вируса: с поражением слизистых оболочек верхних дыхательных путей, лимфоидной ткани, глаз или кишечника. Известны случаи бессимптомного носительства аденовирусов, служащих источником возбудителя, в лимфоидной ткани верхних дыхательных путей на протяжении нескольких месяцев и лет.

У человека острую респираторную инфекцию вызывают четыре вида коронавирусов: 229E, OC43, NL63, HKUI. Заболевание чаще протекает с поражением верхних дыхательных путей легкой или средней степени тяжести, в редких случаях – с поражением нижних дыхательных путей. Кишечная разновидность инфекции встречается гораздо реже, в основном у детей. ОРВИ, вызванная коронавирусами, обычно длится в течение нескольких дней и заканчивается полным выздоровлением. Однако в ряде случаев заболевание может протекать в форме атипичной пневмонии или тяжелого острого респираторного синдрома (ТОРС). Эта патология характеризуется высокой летальностью, поскольку сопровождается острой дыхательной недостаточностью.

Самым распространенным возбудителем ОРВИ среди взрослого населения и детей всех возрастных групп являются риновирусы, вызывающие воспаление слизистой оболочки верхних дыхательных путей. Инфекция проявляется насморком и кашлем, нередко осложняется трахеитом.

В 2005 г. был описан бокавирус человека. Бокавирус обычно обнаруживается у младенцев и детей, нередко в сочетании с другими возбудителями ОРВИ. Бокавирусная инфекция проявляется лихорадкой, кашлем, насморком и диареей. У взрослых при тесном контакте с больными детьми бокавирус может вызывать легкие симптомы острого респираторного заболевания (ОРЗ), в редких случаях вирус обнаруживается при пневмонии, возникшей на фоне иммунодефицита.

Метод ПЦР обладает большей диагностической чувствительностью и специфичностью, по сравнению с другими методами выявления возбудителей ОРВИ (например, с иммунохроматографией и иммунофлуоресценцией).

определяемый фрагмент – специфический участок нуклеиновых кислот возбудителей острых респираторных вирусных инфекций человека (ОРВИ): РНК респираторно-синцитиального вируса (human Respiratory Syncytial virus, hRSv), метапневмовируса (human Metapneumovirus, hMpv), вирусов парагриппа 1, 2, 3 и 4-го типов (human Parainfluenza virus 1-4, hPiv), коронавирусов (human Coronavirus, hCov), риновирусов (human Rhinovirus, hRv), ДНК аденовирусов групп B, C и E (human Adenovirus B, C, E, hAdv) и бокавируса (human Bocavirus, hBov);

специфичность обнаружения – отсутствие неспецифических реакций в отношении других вирусных и бактериальных возбудителей ОРЗ.

Когда нужно сдавать анализ ПЦР-4 ВИРУСЫ (анализ мазка) количественный?

Диагностика ИППП.
Хронические воспалительные заболевания мочеполовой системы.
Акушерско-гинекологическая патология.
Псевдоэрозия шейки матки.
Реактивный артрит.
Хронический конъюнктивит.
Лихорадка неясного генеза.
Нарушения менструального цикла.
Привычное невынашивание беременности.
Лечебные и диагностические выскабливания слизистой оболочки шейки матки и тела матки.
Профилактическое обследование.

Подробное описание исследования

Комплексное исследование, определяющее основные вирусы, вызывающие ЗПП. Количественное определение патогенов позволяет оценить вирусную нагрузку, применяется в качестве скринингового исследования/профилактического обследования на ЗПП, позволяет оценить эффективность проводимой терапии.

Что ещё назначают с этим исследованием?

Другие названия этого исследования

Инфекции, передаваемые половым путем (вирусы)

Подготовка к исследованию

Женщинам рекомендуется сдавать анализ до менструации или через 2 дня после ее окончания.
Мужчинам не следует мочиться в течение 3 часов до анализа.
За 24-48 час исключить -половой контакт, местные(влагалищные) процедуры- введение свечей, спринцевания, УЗИ вагинальное и кольпоскопия
Проводить исследование не ранее чем через 14 дней после применения антибактериальных препаратов.

Противопоказания и ограничения

Факторы, влияющие на результаты исследований

Противовирусная терапия.
Загрязнение пробы посторонними молекулами ДНК ведет к ложноположительному результату, ингибирование полимеразной цепной реакции компонентами биопроб (гемоглобином, гепарином и т. д.) – к ложноотрицательному.

Интерпретация результата

Выявление патогенов в любом количестве свидетельствует о наличии ДНК возбудителей в исследуемом образце; инфицировании и о необходимости обращения к профильному специалисту для определения дальнейшей тактики обследования.

Исследование микрофлоры урогенитального тракта позволяет обнаружить возбудителей 13 наиболее распространённых инфекций, передаваемых половым путём.

Что входит в комплекс

Приём и исследование биоматериала

Когда нужно сдавать анализ ПЦР-13 + КВМ количественный?

профилактическое обследование,
диагностика инфекций, передаваемых половым путём,
хронические воспалительные заболевания мочеполовой системы,
акушерско-гинекологические патологии,
псевдоэрозия шейки матки,
реактивный артрит,
хронический конъюнктивит,
лихорадка неясного генеза,
нарушения менструального цикла,
привычное невынашивание беременности,
лечебные и диагностические выскабливания слизистой оболочки шейки матки и тела матки.

Подробное описание исследования

Известно, что половым путём могут передаваться более 30 различных бактерий, вирусов и паразитов. Наибольшие показатели заболеваемости ассоциируются с 13 патогенами.

Инфекции, передаваемые половым путём (ИППП), могут поражать не только урогенитальный тракт, но и другие органы и системы, а также приводить к бесплодию. Обнаружить возбудителей ИППП можно с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) — чувствительного и специфичного метода диагностики инфекционных заболеваний.

Комплексное исследование позволяет выявить возбудителей наиболее распространённых инфекций и своевременно начать лечение.

Вирус простого герпеса (ВПГ) — возбудитель вирусной инфекции, которая примерно в 70% случаев протекает в скрытой форме. Симптомы чаще всего развиваются на фоне сниженного иммунитета.

Существует 2 типа вируса простого герпеса. ВПГ I типа передаётся контактным или контактно-бытовым путём. Чаще всего герпес поражает кожу на лице и губах, глаза, слизистую ротовой полости. ВПГ II типа передаётся половым путём или во время родов и поражает, как правило, урогенитальную систему.

Основной симптом герпеса II типа: герпетические высыпания — мелкие пузырьки с прозрачным содержимым. Разрыв пузырьков приводит к образованию болезненных эрозивно-язвенных элементов. Другие симптомы: лихорадочное состояние, ломота в теле, воспаление лимфатических узлов.

Хламидия — внутриклеточный паразит, передающийся половым путём и вызывающий хламидиоз. Заболевание поражает слизистые оболочки половых путей, часто протекает бессимптомно и переходит в хроническую форму, которая может привести к различным осложнениям: бесплодию, невынашиванию беременности, артриту — воспалению суставов.

Основные симптомы хламидиоза у женщин: постоянные тянущие боли внизу живота или в пояснице, выделения из влагалища или мочеиспускательного канала, межменструальные кровотечения, учащённое мочеиспускание. Симптомы хламидиоза у мужчин обычно выражены слабее: выделения из мочеиспускательного канала, учащённое мочеиспускание.

Уреаплазма — условно-патогенный микроорганизм, который может спровоцировать воспаление органов репродуктивной и мочевыделительной систем. Инкубационный период чаще проходит бессимптомно и составляет 2–5 недель. После инкубационного периода у пациента развиваются симптомы уретрита: жжение и боль при мочеиспускании, слизистые выделения (чаще по утрам). Если своевременно не обнаружить заболевание и не начать лечение, то уреаплазмоз может привести к бесплодию у женщин и снижению эректильной функции у мужчин.

Микоплазма — условно-патогенный микроорганизм, вызывающий воспалительные заболевания мочеполовой системы у мужчин и женщин. Выделяют две основные разновидности — Mycoplasma genitalium и Mycoplasma hominis.

Mycoplasma genitalium — наиболее патогенный представитель микоплазм, который вызывает воспаление мочеиспускательного канала у мужчин и женщин, а также воспалительные заболевания органов малого таза у женщин. Mycoplasma hominis — условно-патогенный микроорганизм, который может при отсутствии лечения привести к болезням репродуктивной системы.

Гарднерелла — бактерия, которая в небольших количествах может присутствовать в составе нормальной микрофлоры. Гарднерелла — наиболее частая причина бактериального вагиноза и воспалительных заболеваний органов малого таза у женщин. У мужчин бактерия, как правило, подавляется в течение нескольких дней, но в некоторых случаях возможно бессимптомное носительство.

Симптомы гарднереллёза у женщин: обильные сметанообразные выделения с неприятным запахом, зуд и жжение во влагалище, учащённое мочеиспускание, нарушение менструального цикла, межменструальные кровотечения.

Трихомонада — простейший микроорганизм, устойчивый к окружающей среде. Трихомониаз у мужчин чаще протекает бессимптомно. У женщин вызывает воспалительные заболевания органов малого таза, а в более серьёзных случаях — бесплодие, осложнённое течение беременности, преждевременные роды, рождение ребёнка с низким весом. Также доказано, что на фоне трихомониаза у женщин нарушаются защитные свойства урогенитального тракта. А значит, выше риск заразиться вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ).

Гонококк — бактерия, возбудитель гонореи. Заболевание, как правило, протекает локализованно — с воспалительным поражением одного или нескольких органов. Кроме того, на фоне гонореи возможно нарушение эректильной функции у мужчин и бесплодие — у женщин.

Симптомы гонореи: жжение и боль при мочеиспускании, выделения из половых путей, реже — боль в мошонке у мужчин и боль внизу живота у женщин.

Кандида — условно-патогенный микроорганизм, гриб, который в умеренных количествах входит в состав нормальной микрофлоры. Если концентрация этих микроскопических грибов увеличивается, то развивается кандидоз — инфекция, поражающая органы репродуктивной и мочевыделительной систем, кожу и слизистые оболочки.

Симптомы кандидоза: бело-жёлтые творожистые выделения из половых путей, покраснение и отёчность в области гениталий, боль и жжение при половом контакте и мочеиспускании.

Цитомегаловирус — вирус герпеса V типа. Как и остальные представители семейства, может сохраняться у человека всю жизнь. Если иммунитет в норме, то инфекция, вызванная цитомегаловирусом, — цитомегалия — протекает бессимптомно и без осложнений. Наиболее опасен вирус при беременности — возрастает риск самопроизвольного прерывания беременности, задержки внутриутробного развития, нарушения развития внутренних органов плода.

Информацию из данного раздела нельзя использовать для самодиагностики и самолечения. В случае боли или иного обострения заболевания диагностические исследования должен назначать только лечащий врач. Для постановки диагноза и правильного назначения лечения следует обращаться к Вашему лечащему врачу.

Полимеразную цепную реакцию (ПЦР, PCR) изобрёл в 1983 году Кэри Мюллис (американский учёный). Впоследствии он получил за это изобретение Нобелевскую премию. В настоящее время ПЦР-диагностика является, одним из самых точных и чувствительных методов диагностики инфекционных заболеваний.

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) — экспериментальный метод молекулярной биологии, способ значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой кислоты (ДНК) в биологическом материале (пробе).

В основе метода ПЦР лежит многократное удвоение определённого участка ДНК при помощи ферментов в искусственных условиях (in vitro). В результате нарабатываются количества ДНК, достаточные для визуальной детекции. При этом происходит копирование только того участка, который удовлетворяет заданным условиям, и только в том случае, если он присутствует в исследуемом образце.

Кроме простого увеличения числа копий ДНК (этот процесс называется амплификацией), ПЦР позволяет производить множество других манипуляций с генетическим материалом (введение мутаций, сращивание фрагментов ДНК), и широко используется в биологической и медицинской практике, например, для диагностики заболеваний (наследственных, инфекционных), для установления отцовства, для клонирования генов, введения мутаций, выделения новых генов.

Специфичность и применение

ПЦР позволяет диагностировать наличие долго растущих возбудителей, не прибегая к трудоёмким микробиологическим методам, что особенно актуально в гинекологии и урологии при диагностике урогенитальных инфекций, передающихся половым путем (ИППП).

Исследование урогенитального тракта методом ПЦР на ИППП ;

тест методом ПЦР на коронавирус Covid-19, мазок из носа и зева на определение РНК вируса SARS-CoV-2;

Для проведения исследования в медицинских офисах необходимо предъявить СНИЛС и документ удостоверяющий личность. Запись на исследование В случае получения положительного или сомнительного результата на COVID-19 и при необходимости проведения подтверждающего тестирования обра.

Особенно эффективен метод ПЦР для диагностики трудно культивируемых, некультивируемых и скрыто существующих форм микроорганизмов, с которыми часто приходится сталкиваться при латентных и хронических инфекциях, поскольку этот метод позволяет избежать сложностей, связанных с выращиванием таких микроорганизмов в лабораторных условиях.

Применение ПЦР-диагностики также очень эффективно в отношении возбудителей с высокой антигенной изменчивостью и внутриклеточных паразитов. Методом ПЦР возможно выявление возбудителей не только в клиническом материале, полученном от больного, но и в материале, получаемом из объектов внешней среды (вода, почва и т. д.). В урологической и гинекологической практике - для выявления хламидиоза, уреаплазмоза, гонореи, герпеса, гарднереллёза, микоплазменной инфекции, ВПЧ - вирусов папилломы человека; в пульмонологии - для дифференциальной диагностики вирусных и бактериальных пневмоний, туберкулёза; в гастроэнтерологии - для выявления хеликобактериоза; в клинике инфекционных заболеваний - в качестве экспресс-метода диагностики сальмонеллёза, дифтерии, вирусных гепатитов В, С и G; в гематологии - для выявления цитомегаловирусной инфекции, онковирусов.

Специфичность ПЦР основана на образовании комплементарных комплексов между матрицей и праймерами - короткими синтетическими олигонуклеотидами длиной 18 - 30 букв. Каждый из праймеров сопоставим (комплементарен) с одной из цепей двуцепочечной матрицы, обрамляя начало и конец амплифицируемого участка.

После соединения (гибридизации) матрицы с праймером (отжиг), последний служит затравкой для ДНК-полимеразы при синтезе комплементарной цепи матрицы.

Проведение ПЦР

Для проведения ПЦР в простейшем случае требуются следующие компоненты:

ДНК-матрица, содержащая тот участок ДНК, который требуется амплифицировать;
два праймера, комплементарные концам требуемого фрагмента;
термостабильная ДНК-полимераза;
дезоксинуклеотидтрифосфаты (A, G, C, T);
ионы Mg2+, необходимые для работы полимеразы;
буферный раствор.

ПЦР проводят в амплификаторе — приборе, обеспечивающем периодическое охлаждение и нагревание пробирок, обычно с точностью не менее 0,1°C. Чтобы избежать испарения реакционной смеси, в пробирку добавляют высококипящее масло, например, вазелиновое. Добавление специфичеких ферментов может увеличить выход ПЦР-реакции.

Ход реакции

Обычно при проведении ПЦР выполняется 20 - 35 циклов, каждый из которых состоит из трех стадий. Двухцепочечную ДНК-матрицу нагревают до 94 - 96°C (или до 98°C, если используется особенно термостабильная полимераза) на 0,5 - 2 минуты, чтобы цепи ДНК разошлись. Эта стадия называется денатурацией — разрушаются водородные связи между двумя цепями. Иногда перед первым циклом проводят предварительный прогрев реакционной смеси в течение 2 - 5 минут для полной денатурации матрицы и праймеров.

Когда цепи разошлись, температуру понижают, чтобы праймеры могли связаться с одноцепочечной матрицей. Эта стадия называется отжигом. Температура отжига зависит от праймеров и обычно выбирается на 4 - 5°С ниже их температуры плавления. Время стадии — 0,5 - 2 минут.

ДНК-полимераза реплицирует матричную цепь, используя праймер в качестве затравки. Это — стадия элонгации. Температура элонгации зависит от полимеразы. Часто используемые полимеразы наиболее активны при 72°C. Время элонгации зависит как от типа ДНК-полимеразы, так и от длины амплифицируемого фрагмента. Обычно время элонгации принимают равным одной минуте на каждую тысячу пар оснований. После окончания всех циклов часто проводят дополнительную стадию финальной элонгации, чтобы достроить все одноцепочечные фрагменты. Эта стадия длится 10 - 15 мин.

Подготовка материала к исследованию и транспорт его в лабораторию

Для успешного проведения анализа важно правильно собрать материал у пациента и правильно провести его подготовку. Известно, что в лабораторной диагностике большинство ошибок (до 70%) совершается именно на этапе пробоподготовки. Для взятия крови в лаборатории ИНВИТРО в настоящее время применяются вакуумные системы, которые с одной стороны минимально травмируют пациента, а с другой - позволяют произвести взятие материала таким образом, что он не контактирует ни с персоналом, ни с окружающей средой. Это позволяет избежать контаминации (загрязнения) материала и обеспечивает объективность анализа ПЦР.

ДНК – дезоксирибонуклеиновая кислота - биологический полимер, один из двух типов нуклеиновых кислот, обеспечивающих хранение, передачу из поколения в поколение и реализацию генетической программы развития и функционирования живых организмов. Основная роль ДНК в клетках — долговременное хранение информации о структуре РНК и белков.

РНК– рибонуклеиновая кислота - биологический полимер, близкий по своему химическому строению к ДНК. Молекула РНК построена из тех же мономерных звеньев - нуклеотидов, что и ДНК. В природе РНК, как правило, существует в виде одиночной цепочки. У некоторых вирусов РНК является носителем генетической информации. В клетке играет важную роль при передаче информации от ДНК к белку. РНК синтезируется на ДНК-матрице. Процесс этот называется транскрипцией. В ДНК имеются участки, где содержится информация, ответственная за синтез трех видов РНК, различающихся по выполняемым функциям: информационной или матричной РНК (мРНК), рибосомальной (рРНК) и транспортной (тРНК). Все три вида РНК тем или иным способом участвуют в синтезе белка. Однако информация по синтезу белка содержится только в мРНК.

Нуклеоти́ды - основная повторяющаяся единица в молекулах нуклеиновых кислот, продукт химического соединения азотистого основания, пятиуглеродного сахара (пентозы) и одной или нескольких фосфатных групп. Нуклеотиды, представленные в нуклеиновых кислотах, содержат одну фосфатную группу. Они называются по содержащемуся в них азотистому основанию - адениновый (A), содержащий аденин, гуаниновый (G) - гуанин, цитозиновый (C) - цитозин, тиминовый (Т) - тимин, урациловый (U) - урацил. В состав ДНК входят 4 типа нуклеотидов - A, T, G, C, в состав РНК также 4 типа - A, U, G, C. Сахаром в составе всех нуклеотидов ДНК является дезоксирибоза, РНК - рибоза. При образовании нуклеиновых кислот нуклеотиды, связываясь, образуют сахаро-фосфатный остов молекулы, по одну сторону которого находятся основания.

Праймер – котроткая ДНК, используемая для репликации матричной цепи. Каждый из праймеров комплементарен одной из цепей двуцепочечной матрицы, обрамляя начало и конец амплифицируемого участка.

Читайте также: