Китайский коронавирус эпидемиология

Обновлено: 25.04.2024

Коронавирусная инфекция (болезнь) COVID-19: эпидемиология и вирусология

Введение. Коронавирусы являются важными патогенами человека и животных. В конце 2019 года новый коронавирус был идентифицирован как причина скопления случаев пневмонии в Ухане, городе в провинции Хубэй, Китай. Он быстро распространился, что привело к эпидемии по всему Китаю, за которой последовало увеличение числа случаев заболевания в других странах мира. В феврале 2020 года Всемирная организация здравоохранения назначила заболевание COVID-19, обозначающее коронавирусную болезнь 2019 года [1]. Вирус, который вызывает COVID-19, обозначен как тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2 (SARS-CoV-2); ранее он назывался 2019-nCoV.

Понимание COVID-19 развивается. Временное руководство было издано Всемирной организацией здравоохранения и Центрами по контролю и профилактике заболеваний США [2,3]. Ссылки на эти и другие руководящие принципы, связанные с обществом, можно найти в другом месте.

В статьях на сайте будут обсуждаться эпидемиология, клинические особенности, диагностика, лечение и профилактика COVID-19. Приобретенные сообществом коронавирусы, коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома (SARS) и коронавирус ближневосточного респираторного синдрома (MERS) обсуждаются отдельно.

Эпидемиология коронавирусной инфекции COVID-19

В других странах на всех континентах, кроме Антарктиды, также отмечается рост числа случаев заболевания, а число новых случаев за пределами Китая опережает показатель в Китае. Эти случаи первоначально имели место в основном среди путешественников из Китая и тех, кто имел контакты с путешественниками из Китая 9. Однако продолжающаяся местная передача привела к меньшим вспышкам в некоторых местах за пределами Китая, включая Южную Корею, Италию, Иран и Японию, и инфекции в других местах были обнаружены у путешественников из этих стран [12].

В Соединенных Штатах кластеры COVID-19 с локальной передачей были выявлены на большей части территории страны.

Эпидемиология популярных в СМИ инфекций за последние годы

Передача - Понимание риска передачи неполно. Эпидемиологическое расследование в Ухане в начале вспышки выявило первоначальную связь с рынком морепродуктов, где продавались живые животные, где большинство пациентов работали или посещали, и который впоследствии был закрыт для дезинфекции [13]. Однако по мере развития вспышки распространение вируса от человека к человеку стало основным способом передачи.

Считается, что от человека к человеку распространение тяжелого острого респираторного синдрома коронавируса 2 (SARS-CoV-2) происходит в основном через дыхательные капли, напоминающие распространение гриппа. При передаче капель вирус, выделяемый в дыхательные пути, когда человек с инфекцией кашляет, чихает или разговаривает, может заразить другого человека, если он вступает в прямой контакт со слизистыми оболочками; инфекция также может возникнуть, если человек касается инфицированной поверхности, а затем касается его или ее глаз, носа или рта. Капли обычно не путешествуют более шести футов (около двух метров) и не задерживаются в воздухе; однако в одном письме в редакцию SARS-CoV-2 оставался жизнеспособным в аэрозолях в условиях эксперимента в течение как минимум трех часов [14]. Учитывая текущую неопределенность в отношении механизмов передачи, в одних странах регулярно рекомендуются меры предосторожности, связанные с воздушным транспортом, а в других - при установлении определенных процедур с высокой степенью риска.

Уровни вирусной РНК, по-видимому, выше после появления симптомов по сравнению с более поздними стадиями заболевания [15]; это повышает вероятность того, что передача может быть более вероятной на более ранней стадии инфекции, но для подтверждения этой гипотезы необходимы дополнительные данные.

Сообщаемые показатели передачи от индивидуума с симптоматической инфекцией варьируются в зависимости от местоположения и вмешательств инфекционного контроля. Согласно совместному отчету ВОЗ и Китая, уровень вторичного COVID-19 варьировался от 1 до 5 процентов среди десятков тысяч близких контактов подтвержденных пациентов в Китае [16]. В США частота вторичных симптомов составила 0,45% среди 445 близких контактов 10 подтвержденных пациентов [17].

РНК SARS-CoV-2 была обнаружена в образцах крови и стула [24, 25]. В некоторых случаях живой вирус культивируется из стула [26], но, согласно совместному отчету ВОЗ и Китая, фекально-оральная передача, по-видимому, не является значительным фактором в распространении инфекции [16].

Вирусология коронавирусной инфекции COVID-19

Полное геномное секвенирование и филогенный анализ показали, что коронавирус, который вызывает COVID-19, является бета-коронавирусом того же подрода, что и вирус тяжелого острого респираторного синдрома (SARS) (а также нескольких коронавирусов летучих мышей), но в другой кладе. Структура области рецептор-связывающего гена очень похожа на структуру коронавируса SARS, и было показано, что вирус использует тот же рецептор, ангиотензин-превращающий фермент 2 (ACE2), для входа в клетку [27]. Исследовательская группа по коронавирусу Международного комитета по таксономии вирусов предложила назвать этот вирус тяжелым острым респираторным синдромом коронавирус 2 (SARS-CoV-2) [28].

Вирус ближневосточного респираторного синдрома (MERS), другой бета-коронавирус, кажется более отдаленно связанным [29,30]. Наиболее близкое сходство последовательности РНК - с двумя коронавирусами летучих мышей, и представляется вероятным, что летучие мыши являются основным источником; неизвестно, передается ли вирус COVID-19 непосредственно от летучих мышей или через какой-либо другой механизм (например, через промежуточного хозяина) [31].

В филогенетическом анализе 103 штаммов SARS-CoV-2 из Китая были идентифицированы два различных типа SARS-CoV-2, обозначенный тип L (на который приходится 70 процентов штаммов) и тип S (на который приходится 30 процентов) [32]. Тип L преобладал в первые дни эпидемии в Китае, но на его долю приходилось меньше штаммов за пределами Ухани, чем в Ухане. Клинические последствия этих результатов неясны.

N!B! Учебный модуль "Коронавирусная инфекция COVID-19 и ее диагностика у пациентов ФГБОУ ДПО РМАНПО МЗ РФ" можно скачать здесь

N!B! Патологическая анатомия COVID-19. Атлас. О.В. Зайратьянц Самсонова М. В., Михалева Л. М. 2020 можно скачать здесь

N!B! Временные методические рекомендации МЗ РФ: "ПРОФИЛАКТИКА, ДИАГНОСТИКА И ЛЕЧЕНИЕ НОВОЙ КОРОНАВИРУСНОЙ ИНФЕКЦИИ (COVID-19). 1.10.2020 Версия 8.1" можно скачать здесь.

Видео ответы на вопросы по коронавирусной инфекции COVID-19 профессора, д.м.н., А.В. Аверьянова

Редактор: Искандер Милевски. Дата публикации: 22.3.2020. Дата последнего обновления: 26.10.2020

Вирус-химера

Статья, о которой идет речь, появилась в престижном научном журнале Nature Medicine с огромным рейтингом цитируемости 9 ноября 2015 года. Она подписана сразу 15 авторами, 13 из которых имеют отношение к Университету Северной Каролины в Чапел-Хилле, а еще два являются сотрудниками ведущей лаборатории специальных патогенов и биобезопасности Уханьского института вирусологии.

Лаборатории Уханьского института вирусологии

Далее в статье указано, что клетки человеческих легких (НАЕ) были закуплены в соответствии с протоколами, утвержденными советом по институциональному обзору Университета Северной Каролины в Чапел-Хилле. Культуры HAE представляют собой высокодифференцированный эпителий дыхательных путей человека, содержащий реснитчатые и не ресничные эпителиальные клетки, а также бокаловидные клетки. Это показывает, что ученые испытывали возможность созданного ими коронавируса заражать именно человека.

Безопасность на уровне

Интересно и то, что в 2015 году Уханьская лаборатория была переведена с третьего на четвертый — самый высокий уровень безопасности. Это мы можем понять из резюме соавтора исследования Ши Чжэнли (Shi Zhengli), опубликованном на сайте Всемирного общества вирусологов. Если в 2013 году она числилась директором ведущей лаборатории специальных патогенов и биобезопасности Уханьского института вирусологии BSL-3, то в 2015-м стала вице-директором того же исследовательского учреждения уже с пометкой BSL-4.

Специальное разрешение

— Если внимательно вчитаться в текст моратория, становится ясно, что он предполагал возможные исключения, которым и стало это исследование, — пояснил он. — Кроме того, мораторий был введен временно — на время подготовки правил, регламентирующих подобные работы, и снят 19 декабря 2017 года после того, как правила были разработаны и утверждены. Поэтому исследования были продолжены и продолжаются сейчас, но под строгим надзором NIH и грантовых агентств.

Суть работы

SARS-CoV-2 на электронно-микроскопическом снимке

По странному стечению обстоятельств довольно близким к нему по генетической последовательности вплоть до последнего момента оставался тот самый SARS. Но статья в Nature от 3 февраля 2020 года выявила еще более близкого генетического родственника нынешнего SARS-CoV-2. Это коронавирус, который ранее был обнаружен у больших подковоносов — летучих мышей Rhinolophus affinis из провинции Юньнань. Его геном соответствует SARS-CoV-2 на 96,2%.

Посол Китая в РФ Чжан Ханьхуэй — об опыте борьбы с коронавирусом, сроках восстановления экономики КНР и реакции Запада на вспышку COVID-19

— Вызывает большие сомнения то, что он создан искусственно. В природе слишком много естественных возбудителей этого заболевания, — отметила специалист.

Переход на человека

Тем не менее о том, каким образом можно работать с шипом коронавируса и создавать гибридные патогены, подробно говорится в статье 2015 года. Когда ученые создали вирус-химеру, они попробовали заразить им мышей. В материале описываются методы заражения и подчеркивается: от инфекционного клона чаще всего умирают старые мыши.

Согласно публикации, далее исследователи заразили рукотворным вирусом эпителиальные клетки человека и пришли к выводу, что химерный вирус, содержащий шип SHC014 (вновь созданный) в основной цепи SARS-CoV, вызывает устойчивую инфекцию как в культурах дыхательных путей человека, так и у мышей.

Интересно то, что важнейшую роль в этом исследовании сыграли ученые Китая Гэ Син-Йи и Ши Чжэнли. Они долгое время работали и продолжают работать в Уханьском институте вирусологии. Причем Ши Чжэнли — очень известная женщина-исследователь.

— Часто международная исследовательская группа создается по тому принципу, чтобы каждый привнес туда то, чего нет у другого, — пояснил Константин Крутовский. — Это позволяет эффективно решать сложные задачи и является сильным мотиватором для кооперации. Получается, китайцы вошли в проект, привнеся самое важное — генетические последовательности образцов вирусов и инструмент для улучшения качеств патогена. То есть можно предположить, что похожие эксперименты уже проводились в самом Ухане.

Миллионы россиян попадают в зону риска из-за COVID-19, врачи советуют им постараться не выходить из дома

Без импортных ингредиентов

В ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора разработали методику, позволяющую с помощью отечественных реагентов подготовить образцы биоматериала пациентов с COVID-19 к секвенированию. Это процедура определения геномных последовательностей вируса — с ее помощью специалисты определяют, каким именно штаммом заразился человек.

— Если выделение РНК проблем обычно не вызывает и в России есть собственные производители необходимых для этого этапа реагентов, в том числе и наш Институт эпидемиологии, то вся дальнейшая часть эксперимента обычно полностью построена на зарубежных реактивах, и довольно дорогостоящих, —подчеркнул специалист.

Разработку уже используют в ЦНИИ эпидемиологии и других подразделениях Роспотребнадзора.

Поломанная РНК

Кроме того, ученые внесли в панель дополнительные изменения, за счет которых можно пропустить ряд подэтапов, требующих дорогих импортных ферментов. Себестоимость упрощенного решения в разы ниже, чем у коммерчески доступных аналогов, рассказали разработчики.

По его словам, сотрудники лабораторий часто сталкиваются с поврежденными образцами. Неверное хранение или транспортировка мазка ведут к фрагментации РНК, то есть ее поломке на кусочки.

— Это также было одной из причин разработки модифицированной праймерной системы, позволяющей работать с небольшими фрагментами РНК, чтобы увеличить количество копий фрагментов генома вируса в пробе, даже если образец уже в значительной степени был деградирован до его доставки в лабораторию, — рассказал Камиль Хафизов.

Секвенирование образцов проводится после первичного выявления РНК коронавируса, и к этому времени уже может проходить до нескольких суток с момента отбора пробы, что сказывается на ее сохранности и пригодности к исследованию, пояснила медицинский консультант онлайн-лаборатории Lab4U Екатерина Гергесова.

— Мы очень зависим от иностранных реактивов, как раз сейчас работаем над этим — ищем поставщиков, кто заменит их, — подтвердил научный сотрудник кафедры иммунохимии Уральского федерального университета Михаил Болков.

Заболеваемость коронавирусной инфекцией в России продолжает снижаться: в последние дни регистрируется 10 тыс. случаев в день, но тяжело заболевших немного - в стационар направляют до 1,5 тыс. пациентов. Несмотря на это, и эпидемиологи, и власти предупреждают, что остается угроза новой волны.

Об этом напомнила вице-премьер Татьяна Голикова, обсуждая с регионами организацию летнего отдыха для детей. А министр здравоохранения Михаил Мурашко даже назвал ожидаемые сроки нового витка инфекции - май-начало июня.

По факту дела коронавирусные народ сейчас волнуют очень мало: в транспорте лишь единицы носят маски. Упал и интерес к вакцинации - в некоторых регионах стали закрывать за ненадобностью "лишние" прививочные пункты, хотя и подчеркивают, что в стационарных прививочных кабинетах в поликлиниках вакцина есть и ревакцинацию надо делать.

Между тем в Китае продолжается беспрецедентный рост заболеваемости. В 26-миллионном Шанхае регистрируют 30 тыс. случаев в день - это рекордный уровень с начала пандемии. Высокий уровень заболеваемости сохраняется в США, Корее, некоторых европейских странах - Франции, Германии, Италии. Но в то же время в других странах ограничения на въезд отменили: об этом заявили власти Кипра, а также Венгрия, Дания, Ирландия, Латвия, Норвегия, Польша, Румыния, Словения, Исландия, Чехия и Швеция.

Главная особенность нынешней волны - 90% зараженных не имеют симптомов заболевания, их выявляют, отслеживая контакты заболевших, а также при массовом тестировании. Тактика жесткого карантина в таких условиях, которой следует Китай, у одних специалистов вызывает недоумение (в Европе маски продолжают носить, но дистанционная работа и прочие ограничения по большей части отменены). Другие, как, например, известный биолог Анча Баранова, считают, что китайцы делают все возможное, чтобы искоренить вирус "силовым путем", в то время как развитые страны "смирились" с тем, что он будет продолжать циркулировать в популяции практически постоянно.

"Возможно, китайцы знают что-то такое, чего пока не понимаем мы. Возможно, это связано с последствиями ковида, которые могут возникнуть даже у тех, кто болел легко", - предположила профессор Баранова.

ВОЗ, кстати, тоже предупреждает, что пандемия далека от завершения. Если всплеск в Китае специалисты связывают с распространением "стелс-омикрона", то в Европе и США уже вовсю фиксируют новые рекомбинантные штаммы, например вариант XE, который оценивается как самый заразный из всех выделенных за два года пандемии. Ученые уже подтверждают, что XE на 10% заразнее "стелс-омикрона" (ВА.2). Кроме того, выделены еще два "потомка" "омикрона" - ХD и ХF. Ученые подчеркивают, что пока идет накопление информации, и с выводами спешить рано. Но даже если повышенная заразность последних вариантов подтвердится, это не будет означать непременной общемировой вспышки. Но она возможна в странах с низким уровнем иммунизации.

Теоретически любой новый вариант может обладать новыми и неожиданными свойствами, сообщила "РГ" - Неделе замдиректора по науке ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Наталья Пшеничная. "В Китае заболеваемость растет из-за геноварианта "омикрон ВА.2", известного как "стелс-омикрон". Известно, что этот вариант более заразный, а следовательно, может распространяться быстрее оригинального "омикрона". Эту же линию обнаружили в начале этого года и в нескольких европейских странах, и сейчас доля "стелс-омикрона" в структуре заболеваемости коронавирусом нарастает во всем мире", - отметила профессор Пшеничная.

В России, как рассказал "РГ" - Неделе коллега Пшеничной, руководитель научной группы разработки новых методов диагностики на основе технологий секвенирования ЦНИИ эпидемиологии Камиль Хафизов, 90% всех случаев ковида - это "работа" именно "стелс-омикрона".

Получается, если к нам "прилетят" (или появятся внутри страны) какие-то новые, еще более заразные штаммы, народ снова может начать заражаться и болеть.

Вкалывают роботы

В китайском Шанхае уже три недели продолжается жесткий локдаун, и пока инфекцию не удается взять под контроль. Люди даже без симптомов COVID-19 вынуждены сидеть по домам. Питьевую воду и еду им развозят по подъездам волонтеры, а порой даже специальные роботизированные доставщики и дроны.