Пцр мазок из носа на вирусы

Обновлено: 13.05.2024

Исследование для выявления коронавируса SARS-CoV-2, которое позволяет с помощью метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) определить генетический материал (РНК) вируса в образце биоматериала.

Синонимы русские

Коронавирусная инфекция, ковид.

Синонимы английские

COVID-19 PCR test, 2019-nCoV PCR, RNA [polymerase chain reaction, PCR].

Метод исследования

Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР).

Аналитическая чувствительность тест-системы – 5*10^2 копий (1*10^5 копий/мл).

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Мазок из ротоглотки и носоглотки.

Как правильно подготовиться к исследованию?

Минимум за 1 час до взятия мазков из ротоглотки (зева) не употреблять пищу, не пить, не чистить зубы, не полоскать рот/горло, не жевать жевательную резинку, не курить.
За 3-4 часа до взятия мазков из носа/носоглотки не закапывать капли/спреи и не промывать нос.
Исследование не выполняется анонимно, необходимо предъявить паспорт.

Общая информация об исследовании

Коронавирусы – это РНК-содержащие вирусы, на сегодняшний день известно 40 видов. В конце 2019 года был выявлен новый штамм коронавируса – SARS-CoV-2, который вызывает коронавирусную инфекцию COVID-19.

Коронавирусы названы в честь короноподобных шипов на поверхности вируса. У коронавируса SARS-CoV-2 выделяют два подтипа: S и L. S-подтип – более ранний, был сфокусирован в Ухани, вызывает более тяжелое течение заболевание, а L – поздний штамм, распространился по всему миру.

Вирус передается от человека человеку воздушно-капельным, воздушно-пылевым и контактным путем, через рукопожатия и поверхности предметов, на которых он может существовать определенное время. Инкубационный период – до 14 дней, в среднем симптомы появляются на 5-6-е сутки.

Коронавирус тропен к эпителиальным клеткам легких, желудка и кишечника. Поскольку чаще всего "входными воротами" инфекции служат дыхательные пути, то вирус приводит к развитию респираторных симптомов. У большинства заболевших инфекция протекает в легкой форме, носящей симптомы ОРВИ. В группе риска пожилые люди, курильщики и люди с хроническими заболеваниями. У них коронавирусная инфекция может протекать с развитием тяжелой пневмонии и респираторного дистресс-синдрома. У детей заболевание чаще всего протекает в легкой форме.

Молодые люди и дети могут переносить инфекцию бессимптомно, что способствует распространению COVID-19 среди населения.

К основным симптомам относятся:

повышение температуры тела;
кашель (сухой или с небольшим количеством мокроты);
одышка;
ощущение сдавленности в грудной клетке.

Реже заболевание проявляется диареей, тошнотой и рвотой.

Диагностика коронавирусной инфекции проводится при помощи метода ПЦР, который позволяет выявить генетический материал вируса в организме.

Для чего используется исследование?

Для выявления COVID-19.
Для дифференциальной диагностики коронавирусной инфекции с другими респираторными инфекциями.

Когда назначается исследование?

Для скрининга условно здорового населения.
При наличии симптомов заболевания.
Прибывшим из стран с опасной эпидемиологической ситуацией по коронавирусной инфекции.
При наличии контактов с людьми, у которых лабораторно подтвержден COVID-19, или с теми, кто прибыл из стран с высоким уровнем распространения COVID-19.

Что означают результаты?

Причины положительного результата:

Причины отрицательного результата:

Важные замечания

Все пациенты, прибывшие из стран с высоким уровнем распространения COVID-19 или контактировавшие с прибывшими оттуда, а также пациенты с повышенной температурой тела и/или явными симптомами ОРВИ будут направляться для обследования согласно рекомендациям Роспотребнадзора.

Метод определения Полимеразная цепная реакция с детекцией в режиме реального времени (Real-time PCR).

Определение РНК/ДНК возбудителей острых респираторных вирусных инфекций в соскобе эпителиальных клеток ротоглотки и носоглотки методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с детекцией в режиме реального времени.

Острую респираторную вирусную инфекцию (ОРВИ), помимо вируса гриппа, чаще вызывают представители трех семейств РНК-содержащих вирусов: парамиксовирусы (респираторно-синцитиальный вирус, метапневмовирус человека, вирусы парагриппа 1-4), коронавирусы и пикорнавирусы (риновирусы) и двух семейств ДНК-содержащих вирусов: аденовирусы (виды B, C, E), парвовирусы (бокавирус человека).

Респираторно-синцитиальный вирус (РС-вирус) является основным возбудителем бронхиолитов и пневмоний у младенцев и детей младшего возраста во всем мире. В группу риска тяжелого течения PC-вирусной инфекции входят недоношенные младенцы, дети до двух лет, дети и взрослые с ослабленной вследствие заболеваний или лечения иммунной системой, пожилые люди (старше 65 лет).

Основными заболеваниями, развивающимися при инфицировании метапневмовирусами у детей, являются бронхиолиты, пневмония и бронхиальная астма. Вирусы парагриппа часто обнаруживаются у детей младшего возраста. Ко второму году жизни каждый ребенок хотя бы один раз переболевает ОРВИ, вызванной вирусами парагриппа. Вирусы парагриппа 2-го и 4-го типов чаще обнаруживают у детей первого года жизни, по сравнению с другими возрастными группами, где превалируют вирусы парагриппа 1-го и 3-го типов.

Аденовирусы подразделяют на семь видов: A, B, C, D, E, F, G. Аденовирусная инфекция вызывает острые заболевания, протекающие с умеренно выраженным интоксикационным синдромом и симптоматикой, зависящей от вида вируса: с поражением слизистых оболочек верхних дыхательных путей, лимфоидной ткани, глаз или кишечника. Известны случаи бессимптомного носительства аденовирусов, служащих источником возбудителя, в лимфоидной ткани верхних дыхательных путей на протяжении нескольких месяцев и лет.

У человека острую респираторную инфекцию вызывают четыре вида коронавирусов: 229E, OC43, NL63, HKUI. Заболевание чаще протекает с поражением верхних дыхательных путей легкой или средней степени тяжести, в редких случаях – с поражением нижних дыхательных путей. Кишечная разновидность инфекции встречается гораздо реже, в основном у детей. ОРВИ, вызванная коронавирусами, обычно длится в течение нескольких дней и заканчивается полным выздоровлением. Однако в ряде случаев заболевание может протекать в форме атипичной пневмонии или тяжелого острого респираторного синдрома (ТОРС). Эта патология характеризуется высокой летальностью, поскольку сопровождается острой дыхательной недостаточностью.

Самым распространенным возбудителем ОРВИ среди взрослого населения и детей всех возрастных групп являются риновирусы, вызывающие воспаление слизистой оболочки верхних дыхательных путей. Инфекция проявляется насморком и кашлем, нередко осложняется трахеитом.

В 2005 г. был описан бокавирус человека. Бокавирус обычно обнаруживается у младенцев и детей, нередко в сочетании с другими возбудителями ОРВИ. Бокавирусная инфекция проявляется лихорадкой, кашлем, насморком и диареей. У взрослых при тесном контакте с больными детьми бокавирус может вызывать легкие симптомы острого респираторного заболевания (ОРЗ), в редких случаях вирус обнаруживается при пневмонии, возникшей на фоне иммунодефицита.

Метод ПЦР обладает большей диагностической чувствительностью и специфичностью, по сравнению с другими методами выявления возбудителей ОРВИ (например, с иммунохроматографией и иммунофлуоресценцией).

определяемый фрагмент – специфический участок нуклеиновых кислот возбудителей острых респираторных вирусных инфекций человека (ОРВИ): РНК респираторно-синцитиального вируса (human Respiratory Syncytial virus, hRSv), метапневмовируса (human Metapneumovirus, hMpv), вирусов парагриппа 1, 2, 3 и 4-го типов (human Parainfluenza virus 1-4, hPiv), коронавирусов (human Coronavirus, hCov), риновирусов (human Rhinovirus, hRv), ДНК аденовирусов групп B, C и E (human Adenovirus B, C, E, hAdv) и бокавируса (human Bocavirus, hBov);

специфичность обнаружения – отсутствие неспецифических реакций в отношении других вирусных и бактериальных возбудителей ОРЗ.

ОРВИ-скрин – метод этиологической диагностики острых респираторных вирусных инфекций, заключающийся в идентификации вирусов, наиболее часто вызывающих инфекции верхних и нижних дыхательных путей, на основе выявления в исследуемом материале генетического материала возбудителя. Определение РНК (ДНК) респираторно-синцитиального вируса, метапневмовируса, вирусов парагриппа 1, 2, 3 и 4 типов, коронавирусов, риновирусов, аденовирусов групп B, C и E и бокавируса.

Респираторно-синцитиальный вирус (hRSv), РНК
Метапневмовирус (hMpv), РНК
Вирус парагриппа 1 (hPiv-1), РНК
Вирус парагриппа 2 (hPiv-2), РНК
Вирус парагриппа 3 (hPiv-3), РНК
Вирус парагриппа 4 (hPiv-4), РНК
Коронавирусы (hCov NL-63, 229E), РНК
Коронавирусы (hCov HKU-1,ОС 43), РНК
Риновирус (hRv), РНК
Аденовирусы гр. В, С, Е (hAdv), ДНК
Бокавирус (hBov), ДНК

Синонимы русские

Диагностика ОРВИ, скрининг на вирусные инфекции.

Синонимы английские

Respiratory Virus PCR, multiplex PCR test for respiratory viruses.

Метод исследования

Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Бронхоальвеолярный лаваж, мазок из зева (ротоглотки) и носа, мокроту.

как правильно подготовиться к исследованию?

Общая информация об исследовании

Ведущее место в этиологии острых респираторных заболеваний занимают вирусы. Основная доля ОРВИ приходится на возбудителей, имеющих тропность к определенным отделам дыхательных путей, к которым относятся в том числе вирусы парагриппа, аденовирусы, риновирусы, коронавирусы, респираторно-синцитиальный вирус, а также не так давно открытые метапневмовирусы и бокавирусы.

Респираторно-синцитиальный вирус – это РНКсодержащий вирус семейства парамиксовирусов, распространен повсеместно, вспышки заболеваемости происходят преимущественно в зимние месяцы. РС-вирус является частой причиной бронхиолита и пневмонии у детей. Приобретенный иммунитет к вирусу неполный, и, хотя благодаря ему у большинства взрослых повторные инфекции протекают значительно мягче, у пожилых людей и пациентов с иммунодефицитом заболевание может проявляться тяжело. Вирус достаточно устойчив во внешней среде – около часа способен сохранять жизнеспособность на поверхностях, окружающих больного, что обуславливает высокую вероятность заражения контактирующих с пациентом лиц. Лечение симптоматическое, для детей из групп риска возможно ингаляционное введение рибавирина (рекомендовано в США), но его эффективность не доказана. С профилактической целью детям с высоким риском заражения РСВ-инфекцией (дети до 6 лет, рождённые на сроке беременности до 35 недель, дети до 2 лет с заболеваниями легких и сердца) проводится терапия моноклональным анти-РСВ-антителом паливизумабом.

Метапневмовирус – РНКсодержащий вирус семейства парамиксовирусов, открытый в 2001 году. Распространен повсеместно, вспышки заболеваемости встречаются зимой и весной в умеренном климате. Период циркуляции метапневмовируса совпадает с другими сезонными вирусами, в частности вирусом гриппа и респираторно-синцитиальным вирусом. Клинические проявления инфекции включают симптомы обычной простуды, но у определенных лиц (дети, пожилые и люди с иммунодефицитом) метапневмовирусы способны вызывать поражение нижних дыхательных путей в виде бронхита, бронхиолита и пневмонии, а также гриппоподобного синдрома. Высока частота смешанных инфекций, например с РСВ. Терапия симптоматическая, специфическое лечение не разработано, эффективность рибавирина, применяющегося при РСВ-инфекции, в отношении метапневмовируса сомнительна.

Вирусы парагриппа - РНКсодержащие вирусы семейства парамиксовирусов, включают в себя четыре типа. Вирусы первого типа вызывают сезонные эпидемии осенью, при этом вспышки происходят не каждый год. Клинически инфицирования вирусами 1-го и 2-го типа проявляются воспалением слизистой оболочки гортани (ларингит) и верхних отделов трахеи, часто осложняются развитием крупа (стеноз гортани). Вирус 3-го типа вызывает ежегодные вспышки весной, они активнее и дольше в годы, когда не циркулирует вирус 1-го типа. Он чаще вызывает поражение нижних дыхательных путей (бронхиолит и пневмония), особенно у детей и взрослых людей с ослабленным иммунитетом. Вирус 4-го типа выявляется редко, характеризуется поражением верхних дыхательных путей и мягким течением инфекции. Терапия симптоматическая, эффективность рибавирина не доказана. Ряд новых противовирусных препаратов на стадии создания.

Коронавирусы – семейство РНКсодержащих вирусов. Распространены повсеместно, пиковый сезон заболеваемости – зима. Клинически инфекция проявляется в основном поражением верхних дыхательных путей, гораздо реже – бронхиолитом и пневмонией. Такие заболевания, как ТОРС (тяжелый острый респираторный синдром, известный как "атипичная пневмония", вспышка которого началась в 2003 году в Китае) и MERS (англ. Middle East respiratory syndrome – ближневосточный респираторный синдром, вспышка в 2015 году в Южной Корее), вызывались ранее неизвестными разновидностями коронавирусов, протекали с развитием тяжелой пневмонии с респираторным дистресс-синдромом. Ученые связывают появление новых типов коронавирусов с их высокой способностью к мутациям. Средств специфической терапии, эффективность которых подтверждена методами доказательной медицины, не существует.

Риновирусы – РНКсодержащие вирусы семейства пикорнавирусов. Инфекция распространена повсеместно, с сезонными вспышками весной и осенью. Для риновирусной инфекции характерные типичные симптомы простуды, однако у маленьких детей они могут вызывать бронхиолит. Также обострение течения бронхиальной астмы у детей часто ассоциировано с риновирусной инфекцией. Специфическая противовирусная терапия не разработана.

Аденовирусы – семейство ДНКсодержащих вирусов, по различиям в антигенной структуре разделенных на шесть видов, обозначаемых английскими буквами от A до G. Сезонность не имеет решающего значения, но в холодное время частота заболеваний аденовирусными инфекциями возрастает. Аденовирусная инфекция характеризуется широким спектром клинических проявлений, включающих в себя поражения респираторного тракта, глаз, желудочно-кишечного тракта и мочевыводящих путей. Клиника заболевания зависит от вида вируса, так, вирусы видов В, С и Е преимущественно вызывают поражение дыхательных путей, которое проявляется симптомами ринофарингита и трахеита (кашель, лихорадка, першение в горле, выделения из носа). Менее типично развитие бронхиолита и пневмонии, которые встречаются чаще у детей. Также вспышки аденовирусных пневмоний часто происходят среди военнослужащих и других групп людей, живущих в условиях скученности. У людей с иммунодефицитом, а также реципиентов органов и тканей, находящихся на иммуносупрессивной терапии, аденовирусы вызывают генерализованные инфекции, с вовлечением гастроинтестинального тракта, легких и нервной системы. Лечение симптоматическое, есть отдельные исследования по эффективности цидофовира у пациентов после трансплантации костного мозга и солидных органов, однако его применение сопровождалось высокой токсичностью. Аденовирусная вакцина применяется в армии США и недоступна для общего использования.

Бокавирус – вирус семейства парвовирусов, открыт в 2005 году. Может вызывать инфекции верхних и нижних отделов респираторного тракта и гастроэнтериты, чаще всего у детей. Для бокавирусной инфекции типична коинфекция с другими возбудителями. Лечение симптоматическое.

Таким образом, практически все эти возбудители вызывают заболевания, сопровождающиеся симптомами воспаления слизистой оболочки дыхательных путей и выраженной интоксикацией. Обязательным патогенетическим этапом развития и течения ОРВИ является внедрение вируса в клетки эпителия дыхательных путей и его размножение в них, что неминуемо приводит к гибели эпителиоцитов, выходу вирусов в межклеточное пространство и заражению ими новых клеток.

Несмотря на то что в целом клиническая картина ОРВИ имеет сходные проявления, некоторые возбудители, такие как вирусы парагриппа, респираторно-синцитиальный вирус и аденовирусы, способны вызывать заболевания с тяжелым течением, нередко сопровождающиеся развитием осложнений, а у пациентов из группы риска (дети, пожилые люди, пациенты с иммунодефицитами) могут приводить даже к летальному исходу. С учетом этого, а также принимая во внимание эффективность существующих противовирусных препаратов против определенных возбудителей, большую важность приобретает этиологическая диагностика ОРВИ.

В связи со сходной клинической картиной респираторных вирусных инфекций достоверное выявление возбудителя возможно исключительно лабораторными методами. При этом традиционные методы диагностики (иммунологические, серологические, микробиологические исследования) имеют существенные недостатки в виде недостаточной чувствительности, неуниверсальности методик, плохой воспроизводимости результатов и большой длительности получения ответа. Данные проблемы во многом позволило решить внедрение в практику диагностики ОРВИ молекулярно-биологических исследований, в частности полимеразной цепной реакции в режиме реального времени.

В отделяемом дыхательных путей (слизь, мокрота и т. д.), которое используется в качестве исследуемого материала, присутствуют погибшие эпителиальные клетки вместе с вирусными частицами. Принцип метода ПЦР основан на обнаружении в материале специфичных фрагментов генетического материала вируса (РНК или ДНК), его избирательном синтезе с образованием огромного числа копий, что позволяет их легко детектировать, в том числе визуально. К преимуществам метода ПЦР можно отнести:

прямое определение наличия возбудителя – выявление специфического участка РНК или ДНК возбудителя дает прямое указание на присутствие вируса;

высокую специфичность – в исследуемом материале идентифицируется уникальный, характерный только для данного вируса фрагмент РНК или ДНК;

высокую чувствительность – ПЦР позволяет обнаружить возбудитель, даже если его исходная концентрация в исследуемом материале чрезвычайно мала.

Для чего используется исследование?

Для этиологической диагностики острых респираторных вирусных инфекций, особенно у детей, людей пожилого возраста и лиц с иммунодефицитом.

Когда назначается исследование?

При наличии у пациента симптомов инфекции верхних и/или нижних дыхательных путей, сопровождающейся проявлениями интоксикационного синдрома, в целях дифференциальной диагностики вирусных и бактериальных острых респираторных заболеваний, определения показаний для назначения специфической противовирусной терапии.

Что означают результаты?

Респираторно-синцитиальный вирус (hRSv), РНК

Метапневмовирус (hMpv), РНК

Вирус парагриппа 1 (hPiv-1), РНК

Вирус парагриппа 2 (hPiv-2), РНК

Вирус парагриппа 3 (hPiv-3), РНК

Вирус парагриппа 4 (hPiv-4), РНК

Коронавирусы (hCov NL-63, 229E), РНК

Коронавирусы (hCov HKU-1,ОС 43), РНК

Риновирус (hRv), РНК

Аденовирусы гр. В, С, Е (hAdv), ДНК

Бокавирус (hBov), ДНК

Отрицательный результат - "не обнаружено" - в исследуемом материале не обнаружено превышающих пороговый диагностический уровень компонентов РНК или ДНК ни одного из искомых возбудителей.

Положительный результат "обнаружено" - обнаружена ДНК/РНК вируса в количестве, превышающем пороговый диагностический уровень. При наличии соответствующих клинических проявлений это свидетельствует об этиологической роли выявленного возбудителя в развитии ОРВИ.

Важные замечания

Интерпретация результатов исследования, особенно принятие на их основании решения о начале этиотропной терапии противовирусными средствами и выбор конкретного лекарственного препарата, должна проводиться исключительно врачом.
В применяющемся в данном исследовании наборе праймеров для ПЦР отсутствуют праймеры для обнаружения коронавируса, вызывающего тяжелый острый респираторный синдром.

Также рекомендуется

Influenza virus A/B (вирусы гриппа А/В), РНК [реал-тайм ПЦР]
Типирование Influenza virus A (H1N1, H3N2)
Клинический анализ крови: общий анализ, лейкоцитарная формула, СОЭ (с микроскопией мазка крови при выявлении патологических изменений)
Иммунологическое обследование при вирусной инфекции

Кто назначает исследование?

Терапевт, педиатр, врач общей практики, пульмонолог, инфекционист, оториноларинголог.

Что будет, если есть или пить перед сдачей мазков для теста ПЦР?

По инструкции к наборам для ПЦР-исследования на SARS-CoV-2 взятие мазков рекомендуется проводить не раньше 3-4 часов после последнего приёма пищи. Почему это важно?

Коронавирус SARS-Cov-2 живет внутри эпителиальных клеток. Для ПЦР-исследования важно получить мазок с достаточным количеством инфицированных клеток. В момент проглатывания еды эпителиальные клетки механически слущиваются пищевым комком с поверхности слизистой оболочки. Если взять мазок сразу после еды, в пробирку может попасть недостаточное количество инфицированных клеток. В этом случае, пациент может получить ложноотрицательный результат анализа. То же самое касается питья. Вода смывает с поверхности миндалин, задней стенки глотки инфицированные клетки.

Можно ли пользоваться лекарственными средствами в нос и горло (капли, спреи, антисептики) перед сдачей мазков?

Перед взятием мазков ни в коем случае нельзя использовать лекарственные средства для местного применения (капли, спреи и др). После их применения количество вируса на слизистой снижается и увеличивается вероятность получения ложноотрицательных результатов ПЦР-теста.

Можно ли употреблять алкоголь перед сдачей теста ПЦР и как это повлияет на результат?

Алкоголь содержит этиловый спирт (этанол), который также входит в состав многих антисептических средств. По рекомендациям Роспотребнадзора, для эффективного антисептического действия в составе дезинфицирующего средства должно быть не менее 60-80% этилового спирта. Хотя в состав спиртных напитков (обычно) входит меньше этанола, чем необходимо для дезинфекции, но после приема алкоголя вероятность выявления коронавируса в мазке также может снизиться.

Почему нельзя чистить зубы перед сдачей теста ПЦР?

Основная цель на этапе взятия мазков для ПЦР-исследования – получить биологический материал с достаточным количеством клеток, пораженных коронавирусом. Применение любых очищающих средств для полости рта снижает количество вируса в получаемом мазке. Зубная паста может содержать антисептические компоненты. Попадание ее остатков в пробирку с мазком может мешать проведению анализа. Кроме того, чистка зубов требует еще и дополнительного полоскания рта, что также не рекомендовано перед забором биоматериала.

Применение косметики (помады, блески и бальзамы для губ) может повлиять на результат теста?

Материал для исследования берут не из полости рта, а из зева и носоглотки. Если соблюдать все правила взятия мазка и не прикасаться зондом к губам, то наличие декоративной косметики не должно помешать получению адекватного материала для ПЦР-теста. Но при случайном попадании в пробу косметические средства могут замедлить ПЦР-реакцию. Поэтому лучше декоративную косметику нанести уже после того, как мазок был взят.

Откуда все-таки берут мазок – из зева или носоглотки?

Минимум за 3 часа до взятия мазков из ротоглотки (зева) нельзя: принимать пищу, пить, чистить зубы, полоскать рот/горло, использовать спрей-освежитель для ротовой полости, жевать жевательную резинку, курить.

Минимум за 3 часа до взятия мазков из носоглотки нельзя: промывать нос, использовать спреи, капли, мази для носа.

За два дня до взятия мазка рекомендуется отказаться от употребления спиртных напитков.

Читайте также: